索引

在宏基因组学的量化分析中，需要对测序数据进行拼接和比对等处理，以了解基因组中代表微生物种群结构的基因序列。而索引则是这一过程中十分重要的一步。

索引是将特定的序列信息提取出来，存储成为容易查找和访问的形式。在宏基因组分析中，索引可以理解为对目标基因组或数据集的细分和分类。例如，可以用索引指向某个微生物具有代表性的基因序列，或将不同样本的数据集按其来源地集合成一个“区域”索引，方便快速检索及高效计算等操作。通过合理设置索引参数，可以更好地指导程序运行并提高数据的利用率。

Salmon是基于RNAseq数据的宏基因组表达分析工具，采用索引技术可使其非常快速地在大规模样本上计算。在使用Salmon时，可以根据需要创建包含参考基因组的索引文件，并配合不同的选项，利用RNAseq reads对这些索引进行搜索、比对和计数，提供丰富的表达数据供后续分析使用。