文章用图的修改和排版(2)

教师节时, 我们推出了文章用图的修改和排版视频教程, 演示了如何利用Adobe Illustrator修改分析获得的矢量图和实验获得的标量图; 并整理了一系列的视频教程在 生信宝典视频教程R TCGA Cytoscape。

在录制那期视频时, 翻阅了之前准备文章期间做的图形排版教程。当时每天都在不断的调整图和排版, 心得体会比现在更多些, 也录制了视频, 但是无声版, 录制完之后为EXE格式。如果您已观看过文章用图的修改和排版视频教程, 也自己操作过, 有了一定基础, 还想进一步的了解, 可以看看这份无声版的记录是否能有些帮助。

矢量图和标量图

矢量图是使用直线和曲线来描述图形, 这些图形的元素是一些点、线、矩形、多边形、圆和弧线等等, 它们都是通过数学公式计算获得的。矢量图形最大的优点是无论放大、缩小或旋转等不会失真；最大的缺点是难以表现色彩层次丰富的逼真图像效果。常见的矢量图有PDF, SVG, EPS等格式。如果图形中有文字, 并且文字可以复制, 则可初步判断为矢量图。

与矢量图相对应的就是标量图了, 常见的png, jpg, gif格式等, 是由像素点构成, 放大到一定程度会出现马赛克效果。图中的文字不可复制, 元素不可拆分。

矢量图的制作

• 常规图：

• Excel, 生成的图可以直接拷贝到AI里面修改
• R, Perl, Python等程序语言输出pdf, eps格式的图 (详见公众号中R作图系列)

• 常用工具的出图

• 二代测序出图 UCSC – PDF; IGV – SVG; epigenomegateway - SVG; 在高通量数据可视化文章中也有介绍
• Motif Weblogo - eps
• 作图软件 Graphpad

矢量图编辑工具

主要有 Gimp, Adobe illustrator, Inkscape, image magik, photoshop, latex。适用之后, 从稳定性还是易用性来讲, Adobe illustrator是最好的一款。但是是收费软件, 在线会有一些试用版, 供测试时用。

作图基本原则

• 图形中文字的字体保持统一, 一般使用Helevetica或Arial
• 符号一般使用Symbol字体, 常见符号有 ′, β等
• Panel的字号(A,B,C,D)一般比其余的文字大一号, 上下左右对齐
• 文字特别密集的地方字体可适当缩小, 原则是看着协调
• 图和图之间的距离在空间允许的情况下尽可能的大

• 一篇文稿所有柱状图理论上柱子的宽度保持一致
• 柱状图的Error bar宽度一致
• 坐标轴上的刻度尺宽度, 长度一致
• 坐标轴的宽度、颜色一致
• 胶图的泳道对齐

作图中的要点注意

• 标准化, 便于位置调整

• 从最开始作图, 到文章投稿、修改、定稿, 中间会不断调整, 子图会根据文章需要不断删减, 调整位置。因此标准化之后, 就可以很简单的互换位置就可以了
• 每个子图的长宽尽量一致
• 每个相似子图内部元素的特征一致, 比如柱子的宽度 (6 mm), 柱子之间的距离, 坐标轴的刻度的宽度 (0.7 mm), 误差线的宽度 (1 mm), P-value连接线宽度 (6 mm), 胶图泳道的宽度等

• 合理利用对齐工具, 左右对齐、横向分布、纵向分布等, 即保证对齐效果, 又免去人为调整的繁琐
• 在选择单个元素时尽量使用直接选择工具
• 作图要做到自己满意, 自己对自己负责；当你觉得一个地方不合适需要调整时, 一定要及时修改；如果怕麻烦现在没调整, 过几天别人发现或自己觉得不舒服也还是会再调整的。所有要做好充足的准备和充足的工作
• 保留备份, 保留备份, 保留备份.每次大的修改都要保留原始版本, 因为不知道明天是否还会改回来

视频教程

左边是修改前的, 右边是成品或近成品截图。

1. AI编辑线图.exe
2. AI_柱状图.exe
3. AI_UCSC.exe
4. AI_设计.exe
5. 图形导出
   可以导出为PDF、TIFF格式；最好用PhotoShop导出, 分辨率高, 文件小。