首页 > 系统相关 >linux 中输出参考基因组gff文件第9列的注释类别

linux 中输出参考基因组gff文件第9列的注释类别

时间:2022-11-04 18:36:26浏览次数:32  
标签:test3 GCF 基因组 linux genomic gene gff

 

001、

[root@pc1 test3]# ls
GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.gff
[root@pc1 test3]# awk '$3 == "gene" {split($9, a, ";"); for(i in a) {split(a[i], b, "="); if(++c[b[1]] == 1) print b[1]}}' GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.gff
description
ID
Dbxref
Name
gbkey
gene
gene_biotype
gene_synonym
partial
start_range
end_range

 

标签:test3,GCF,基因组,linux,genomic,gene,gff
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16858725.html

相关文章

  • Vue项目或Django项目在Linux系统持续运行 - XShell
    Vue项目$nohupnpmrunserve&exitDjango项目$nohuppythonmanage.pyrunserver0.0.0.0:8000>nohup.out&exit稍微解释一下命令:nohup:不挂断的运行命令>nohup.out:......
  • Linux安装nodejs
    nodejs下载官方地址:​​https://nodejs.org/zh-cn/download/​​Linux查看当前系统位数:​​getconfLONG_BIT​​官网上下载好二进制文件后,可以通过​​xftp工具​​​......
  • Linux安装Anaconda
    一、Linux安装AnacondaAnaconda官方下载地址:​​https://www.anaconda.com/products/individual#​​Linux运行$bashAnaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh#一路Enter#出现......
  • linux 中 awk命令中数组的应用
     001、基本用法[root@pc1test4]#lsa.txt[root@pc1test4]#cata.txtabcdbeadezbcade[root@pc1test4]#awk'{printay[$2]++}'a.txt01021......
  • linux 文件打包 / 分割 / 组合 / 解压
    较多时候我们在linux下使用tar打包文件夹,会出现打包后的文件过大,在文件copy过程中需要切片成较小文件。步骤:1.先压缩,然后切片**打包命令:#tarzcvfimages.tar.......
  • mac linux 查看端口占用情况
    maclsof-i:8080nodejs项目,启动初问题了,终断后,老出现,端口占用启动不了的情况linux1.也可以用lsof-i:端口号----发现有的linux服务器不支持lsofnetstat-ntl......
  • linux服务器项目迁移非常好用的工具scp和rsync
    linux系统下一般都安装了,启用一下就可以了(1):编辑配置文件 #sudovi/etc/default/rsync#ubuntu #vi/etc/xinetd.d/rsync#centoscentos:把disable=yse改为no......
  • Linux删除tunnel的方法
    测试lvs的时候,添加了一个IPtunnel,如下:/sbin/ifconfigtunl0$VIPbroadcast$VIPnetmask255.255.255.255up/sbin/routeadd-host$VIPdevtunl0测试完毕......
  • Linux查询块设备命令之 lsblk
    简介在Linux系统下面,lsblk用于列出所有可用块设备的信息,而且还能显示他们之间的依赖关系,但是它不会列出RAM盘的信息。块设备有硬盘,闪存盘,cd-ROM等等。lsblk命令包含在util......
  • Linux查询块设备信息之 blkid
    blkid语法查看块设备的文件系统类型、LABEL、UUID等信息,有软件包util-linux提供。[root@localhost~]#blkid--help用法:blkid--label<label>|--uuid<uuid>blk......