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Linux 中 shell脚本统计fasta文件中每一条染色体的长度

时间:2023-11-17 23:45:01浏览次数:51  
标签:tmp shell fa pc1 test Linux ay fasta

 

001、 借助数组实现

[root@pc1 test]# ls
a.fa
[root@pc1 test]# cat a.fa    ## 测试fasta文件
>chr1
aattccgg
ttcc
>chr2
ttccc
>chr3
tttc
cct                           ## 统计脚本
[root@pc1 test]# awk '{if($0 ~ /^>/) {tmp=$0; ay[tmp] = 0} else {ay[tmp] += length($0)}}END {for (i in ay) print i, ay[i]}' a.fa
>chr3 7
>chr1 12
>chr2 5

 

标签:tmp,shell,fa,pc1,test,Linux,ay,fasta
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17839917.html

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