首页 > 系统相关 >Linux 中 shell 脚本实现根据gff统计每一个基因的转录本数目

Linux 中 shell 脚本实现根据gff统计每一个基因的转录本数目

时间:2023-05-16 22:48:14浏览次数:45  
标签:shell 基因 NF Linux gene gff

 

001、生成基因名称的列表

awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/' | sort | uniq > gene.list

 

002、

 

标签:shell,基因,NF,Linux,gene,gff
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17407086.html

相关文章

  • DBeaver 22.3.0 Ultimate最新和谐版本(windows+linux)
    概述 DBeaver是一款流行的开源数据库管理工具,支持多种数据库,如MySQL、PostgreSQL、SQLite、Oracle、MicrosoftSQLServer等。它提供了一个统一的界面,使得用户能够方便地连接、管理和查询各种类型的数据库。功能支持多种数据库:DBeaver支持多种数据库引擎,如MySQL、PostgreSQL......
  • Rockchip RK3399 - linux内核移植
    ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------开发板  :NanoPC-T4开发板eMMC  :16GBLPDDR3:4GB显示屏 :15.6英寸HDMI接口显示屏u-boot  :2017.09linux   :5.10.110-----------------......
  • Linux gcc升级
    源码编译1.查看当前gcc版本#gcc--versiongcc(GCC)4.8.520150623(RedHat4.8.5-44)Copyright(C)2015FreeSoftwareFoundation,Inc.Thisisfreesoftware;seethesourceforcopyingconditions.ThereisNOwarranty;notevenforMERCHANTABILITYorFITNES......
  • Rocky 9 Linux 平台 vim 9.0 源码包编译安装踩坑记录
    目录vim9.0部署准备环境vim9.0源码包正式部署vim9.0初体验plug-vim安装插件在上一篇《vim入门实战》篇,我并没有介绍Linux平台源码包形式安装以及基础运用。本篇教程,以源码包形式部署vim9.0,演示RockyLinux9平台安装vim9.0.1523,目前最新版为vim9.0.15xx。如......
  • Lupin的linux学习路(ubuntu)
    Lupin的linux的学习路(Ubuntu)安装Ubuntu双系统制做一个系统引导u盘(到Ubuntu官网下载镜像,使用rufus镜像写入软件将镜像写入到u盘中,写入成功后,引导u盘制做完成)。在Windows系统中分出200G的空余磁盘空间安装Ubuntu系统。电脑关机,插上引导u盘,进入电脑引导选项,进入Ubuntu安......
  • linux 下运行一个java程序
     在linux下,测试一个小程序如果用到自己lib,则在程序目录下建一个lib目录,把相应的jar放进去。test是package名称java-classpath.:lib/*test.TestPing    在linux的后台运行#nohupjava-classpath.:lib/*hkrecdis&#exit......
  • Linux中sar命令
    Linux中sar命令sar这东西,一开始还以为是内部有的,原来是外部的工具,可以到http://pagesperso-orange.fr/sebastien.godard/download.html去下载 1安装  tarzxvfxxx.tar.gz  ./configure  make  makeinstall 2使用pidstat25//每隔2秒,显示5次,所有......
  • linux 中 sed命令实现仅保留匹配字段的内容
     001、[root@PC1test4]#lsa.txt[root@PC1test4]#cata.txt##测试数据gbkey=mRNA;gene=ATP5O;model;evidence;Supporting[root@PC1test4]#sed's/\(.*\)\(gene=[^;]\+\)\(.*\)/\2/'a.txt##利用正则和预存储实现gene=ATP5O  002、[root@......
  • Powershell 无法将“mysql”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称
    Win键+Q,在搜索框内输入Powershell。点击以管理员身份运行Powershell。粘贴代码 set-executionpolicyremotesigned 按回车键执行命令。输入A,按回车键确认。 ......
  • Linux基础21 进程介绍, 进程监控状态ps, 进程相关命令pstree,pgrep,pidof, 动态进程监
    1.进程的管理:当我们运行一个程序,那么我们将该程序叫进程 进程线程协程 linux起服务会有给这个服务预分配的内存结构,windows没有 2.为什么要学进程管理?为了管理架构的服务 3.程序和进程的区别1)程序:开发写出来的代码,程序是永久存在的。 2)进程:它会随着程序的终止而销......