001、
[root@PC1 test]# ls
a.fa
[root@PC1 test]# cat a.fa ## 测试fasta文件
>chr1
AACCCTTG
TTCCCCC
>chr2
CCCTTTTT
CCCCCCCC
TTTT
>chr3
TTTTCCCC
GGGG
[root@PC1 test]# awk 'NR > 1 {if($0 ~ />/) {print sum; sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print sum}' a.fa ## 统计每一条scaffold碱基的总长度
15
20
12
002、增加每一条scaffold的名称
[root@PC1 test]# ls
a.fa
[root@PC1 test]# cat a.fa
>chr1
AACCCTTG
TTCCCCC
>chr2
CCCTTTTT
CCCCCCCC
TTTT
>chr3
TTTTCCCC
GGGG
[root@PC1 test]# awk '{if(NR == 1) {printf($0"\t")} else if($0 ~ />/) {print sum; printf($0"\t"); sum = 0} else {sum += length($0)}} END {print sum}' a.fa
>chr1 15
>chr2 20
>chr3 12
标签：shell,scaffold,PC1,fa,Linux,test,root,sum From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17041548.html