mysql的innodb中有两类索引,分别是 Cluster 形式的主键索引（Primary Key），另外一种则是和其他存储引擎（如MyISAM存储引擎）存放形式基本相同的普通 B-Tree 索引，这种索引在 InnoDB 存储引擎中被称为 Secondary Index。下面图。
[img]http://images.51cto.com/files/uploadimg/20090630/0907420.jpg[/img]
左侧为Clustered 形式存放的 Primary Key，右侧则为普通的 B-Tree 索引。两种索引在 Root Node 和Branch Nodes 方面完全一样。但它们会在Leaf Nodes方面出现差异。在 Primary Key 中，Leaf Nodes 存放的是表的实际数据，不仅仅包括主键字段的数据，还包括其他字段的数据，整个数据以主键值有序的排列。而 Secondary Index 则和其他普通的 B-Tree 索引没有太大的差异，只是在 Leaf Nodes除了存放索引键的相关信息外，还存放了 InnoDB 的主键值。
所以，在 InnoDB 中如果通过主键来访问数据效率是非常高的，而如果是通过 Secondary Index 来访问数据的话，InnoDB 首先通过 Secondary Index 的相关信息及相应的索引键检索到 Leaf Node，再通过Leaf Node 中存放的主键值和主键索引来获取相应的数据行。
但另外一个情况要注意的是,在删除的时候,情况却相反了,比如:
下面一个例子:
Create Table: CREATE TABLE `test1` (
`aid` int(10) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`id` bigint(20) unsigned NOT NULL DEFAULT '0',
`k` int(10) unsigned NOT NULL DEFAULT '0',
`c` char(120) NOT NULL DEFAULT '',
`pad` char(60) NOT NULL DEFAULT '',
PRIMARY KEY (`aid`),
KEY `k` (`k`),
KEY `id` (`id`)
如果select count(*) from test1 where id>=0;
会发现用secondary index的效率比用主索引的效果是高的,
更多可以参考这里:
http://optimmysql.blogspot.com/2007/07/innodb-row-counting-using-indexes.html