Python处理生信分析流程配置文件4种方法

在编写生信分析流程时，通常会通过配置文件来定义一些固定的参数，比如软件路径、参考基因组fasta文件路径、基线路径和阈值参数等。

1. ini配置文件

文件名称： cconfig.ini

INI（Initialization）文件是一种简单的配置文件格式，通常由节（section）、键（key）和值（value）组成，是较为常用的配置文件方法。

格式示例

[reference]
hg19 = /path/hg19.fa
hg38 = /path/hg38.fa

ini文件操作

import configparser   
  
config = configparser.ConfigParser()  
BIN = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) + '/'
# 读取当前目录下config.ini配置文件
config.read(BIN + 'config.ini') 

# 列出所有section   
sections = config.sections()   
# 列出section对应的所有option  
options = config.options(section)
# section对应option的值  
value = config.get(section, option)    

# 获取hg19参考基因组fasta文件路径
reference_path = config['reference']['hg19']

2. json配置文件

文件名称：config.json

JSON（JavaScript Object Notation）是一种轻量级的数据交换格式，易于阅读和编写，易于机器解析和生成。json文件格式要求较严格，可作为分析流程中的中间文件存储信息。

格式示例

{
“reference”: {
“hg19”: “/path/hg19.fa”,
“hg38”: “/path/hg38.fa”,
}
}

json文件操作

import json  
  
# 读取json文件
with open('config.json') as f_r:  
    config = json.load(f_r)  
      
# 输出至新的json文件  
with open('config_output.josn', 'w') as f_w:  
    json.dump(config, f_w, indent=2)

3. yaml配置文件

文件名称：config.yaml

YAML（YAML Ain’t Markup Language）是一种易于人类读写的配置文件格式，适用于配置文件和数据序列化。

格式示例

reference:
  hg19 : /path/hg19.fa
  hg38 : /path/hg38.fa

yaml文件操作

import yaml  

# 读取yaml文件
with open('config.yaml') as f:  
	# 返回为字典类型或列表类型
    config = yaml.load(f)

4. python script

配置文件： config.py

在编写python程序时，导入关键的参数，比如深度学习时的超参数配置。

.py文件操作

import os  
import sys   
import config  

# 导入config.py使用python语法编写
# 获取当前目录下config.py配置信息
option = config.option    


# 另一个python脚本导入config.py参数，直接作为变量引用
from config import reference_hg19, samtools_path
# from config import **