GATK源码解析（一）

　　程序入口 org.broadinstitute.hellbender.Main类下的main函数

public static void main(final String[] args) {
        new Main().mainEntry(args);
    }

　　mainEntry函数是主要分为三个步骤：初始化命令行函数和运行命令行函数以及处理运行结果

• 初始化命令行函数，setupConfigAndExtractProgram调用extractCommandLineProgram方法，搜索org.broadinstitute.hellbender和picard目录下

picard.cmdline.CommandLineProgram或者CommandLineProgram的子类，CommandLineProgram的每个实现类就是一个子功能，

运行命令行函数，instanceMainPostParseArgs下调用runTool执行程序，

public final Object runTool(){
        try {
            logger.info("Initializing engine");
            onStartup();
            logger.info("Done initializing engine");
            return doWork();
        } finally {
            logger.info("Shutting down engine");
            onShutdown();
        }
    }

• 处理结果在handleResult方法，直接打印结果

  protected void handleResult(final Object result) {
          if (result != null) {
              System.out.println("Tool returned:\n" + result);
          }
      }