001、分别输出染色体ID、序列和序列的长度
[root@PC1 test02]# ls
a.fa test.py
[root@PC1 test02]# cat a.fa ## 测试数据
>seq1
AGAAGGGG
>seq2
AAACCTTTT
>seq3
AAATTTCCGG
[root@PC1 test02]# cat test.py ## 程序
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
from Bio import SeqIO
for i in SeqIO.parse("a.fa", "fasta"):
print(i.id)
print(i.seq)
print(len(i))
002、测试程序效果
[root@PC1 test02]# ls a.fa test.py [root@PC1 test02]# cat a.fa ## 测试程序 >seq1 AGAAGGGG >seq2 AAACCTTTT >seq3 AAATTTCCGG [root@PC1 test02]# python3 test.py ## 执行程序， 分别输出染色体ID、序列和序列的长度 seq1 AGAAGGGG 8 seq2 AAACCTTTT 9 seq3 AAATTTCCGG 10
。
003、获取序列的总条数
[root@PC1 test02]# ls
a.fa test.py
[root@PC1 test02]# cat a.fa ## 测试文件
>seq1
AGAAGGGG
>seq2
AAACCTTTT
>seq3
AAATTTCCGG
[root@PC1 test02]# cat test.py ## 程序
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
from Bio import SeqIO
print(len(list(SeqIO.parse("a.fa", "fasta"))))
[root@PC1 test02]# python3 test.py ## 执行程序
3
004、输出任意序列
标签：py,fa,python,PC1,test02,SeqIO,fasta,root,## From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17637914.html