前序课程1前序课程2场景简述蛋白与配体对接后，采用通常的分子动力学模拟，通常会采样得到势阱附近的大量结构（如下图左L-P），即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程，需要克服一个解离能垒，去到L-P*，甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不

前序课程1前序课程2目录应用场景简述；-[Done]DSDP:蛋白-配体对接；-[Done]XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；-[Done]SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；-[Done]XPONGE：数据简单后处理。5.XPONGE：数据简单后处理经过1ns的SPONGE分子动力学模拟，得到了轨迹文件"mdcrd.dat

课程准备阶段，介绍最简明安装流程，安装过程中如果遇到其他问题，请移步官方教程。第三方软件只提供个人安装心得。软件安装环境默认为linux。软件支持SPONGE（SimulationPackagetOwardNextGEnerationmolecularmodelling）是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。XPO

前序课程目录应用场景简述；-[Done]DSDP:蛋白-配体对接；-[Done]XPONGE：蛋白-配体建模，加溶剂；-[Done]SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟；XPONGE：数据简单后处理。4.SPONGE：能量极小化-NVT-NPT-正式模拟文件下载进入建模文件目录，如下图：SPONGE输入文件采用独特的参

软件支持SPONGE（SimulationPackagetOwardNextGEnerationmolecularmodelling）是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。安装教程XPONGE使用python编写的分子动力学模拟前后处理工具。简易安装：pipinstallgit+https://gitee.com/gao_hyp_xyj_admin/xponge.gitDS