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spades
2024-08-12
宏基因组实战之:样本组装
紧接上文,质控去除宿主(土壤样本不需要去宿主)后下一步对样本序列进行组装。1、组装工具宏基因组学中常用序列组装工具不少,如SOAPdenovo2、megagit,spades、metaSPAdes、MOCAT2、IDBA-UD等各有优劣,下面两个软件是分析过程中比较常用的。spades:https://github.com/ablab/spadesm