• 2024-06-05C语言数据结构实现-单链表表基本操作
    链表插入元素同顺序表一样,向链表中增添元素,根据添加位置不同,可分为以下3种情况:插入到链表的头部(头节点之后),作为首元节点;插入到链表中间的某个位置;插入到链表的最末端,作为链表中最后一个数据元素;虽然新元素的插入位置不固定,但是链表插入元素的思想是固定的,只需做以下两步操
  • 2024-04-27scPagwas-gwas data pruning的处理-inhouse 【未完成整理】
    总共三个大步骤:step1:提取503例EUR-Sample的1000G.EUR.QC.chr,通过python脚本批量跑plink得到step2:提取my-MDD中SNP的1000G.EUR.QC.chr-sub-chr,通过python脚本批量跑plink得到step3:进行pruning,得到MDD.chr*_plink_prune_EUR_filtered_LD0.8.prune.in,通过python脚本批量跑pli
  • 2024-01-11windows使用SSH隧道socks5代理自动运行尝试
    场景在《windows机器SSH隧道访问内网服务》随笔中通过XShell工具,建立SSH隧道提供Sock5代理服务,在使用过程中出现了一些问题,每次都需要手动打开代理,或者因为锁屏或网络问题会频繁断开,每天都要手动操作好多次。很是繁琐,于是想寻求一种自动运行的方式。经过多次尝试,终于使用putty软
  • 2023-11-26GWAS:plink进行meta分析
    之前教程提到过Metal是可以做Meta分析,除了Metal,PLINK也可以进行Meta分析。命令如下所示:plink--meta-analysisgwas1.plinkgwas2.plinkgwas3.plink+logscaleqt--meta-analysis-snp-fieldSNP--meta-analysis-chr-fieldCHR--meta-analysis-bp-fieldBP--meta-analysis
  • 2023-11-10数据结构之线性表
    线性表之顺序存储:1sqlist.h2#ifndef_SQLIST_H3#define_SQLIST_H45#defineMAX_SIZE66typedefstruct7{8intdata[MAX_SIZE];9intlast;10}sqlist,*sqlink;1112voidcreatList(sqlinkL);//建空表13intgetLength
  • 2023-09-20本地clump data
    在使用TwoSampleMR分析样本的时候,时长遇到clump_data报错,原因是需要联网,其实可以在本地clump数据,使用ieugwasr包里面的ld_clump_data函数,在安装TwoSampleMR的时候会自动安装ieugwasr包,如果需要最新的包,可以使用:remotes::install_github("mrcieu/ieugwasr")该函数说明如下:关键
  • 2023-07-26如何快速简化vcf信息?
    目录需求描述可能存在错误的做法更靠谱的做法需求描述vcf是标准的基因型格式文件,其中包含的信息可多可少。主要在于INFO可无限扩展特征,以及每个样本的FORMAT信息,会大大增加vcf文件的大小。一般来说,GATK等软件得到的基因型都会有这些信息,初始变异我们最好保留它们,因为这是过滤位
  • 2023-05-12linux 中 创建环境变量若干方法
     001、直接修改PATH环境变量[root@PC1plink]#ls##软件目录LICENSEplinkplink_linux_x86_64_20230116.zipprettifytoy.maptoy.ped[root@PC1plink]#pwd##路径/home/software/plink[root@PC1plink]#echo"exportP
  • 2023-04-29Plink中,BGEN格式的数据如何用
    这里,介绍一下BGEN格式的数据,他的文件格式是这样的:a.bgen,这是一个新的数据格式,目前应用不如plink的二进制文件:.bim,.bed,.fam。这里介绍一下如何相互转换。1.bgen格式介绍现代遗传关联研究通常使用数万至数十万个体的数据,这些数据是全基因组数千万标记的基因分型或估算的。基于这
  • 2023-04-2523-4-25--链表--一元多项式求导
    设计函数求一元多项式的导数。输入格式:以指数递降方式输入多项式非零项系数和指数(绝对值均为不超过1000的整数)。数字间以空格分隔。输出格式:以与输入相同的格式输出导数多项式非零项的系数和指数。数字间以空格分隔,但结尾不能有多余空格。输入样例:34-5261-20 
  • 2023-04-2220-4-21--链表--两个有序链表序列的合并
    已知两个非降序链表序列S1与S2,设计函数构造出S1与S2合并后的新的非降序链表S3。输入格式:输入分两行,分别在每行给出由若干个正整数构成的非降序序列,用−1表示序列的结尾(−1不属于这个序列)。数字用空格间隔。输出格式:在一行中输出合并后新的非降序链表,数字间用空格分开,结尾不