• 2024-08-26window环境下关于fMRI的nii文件的预处理的批量代码
    配套fMRI预处理使用。之前预处理忘记删前十秒的文件(为什么要删掉?因为前十秒的文件不稳定),于是59个文件夹不仅要保留删除前十秒还没预处理的文件,还要在每个文件夹里删掉大概一共700个左右的各个预处理步骤遗留下的文件。后面问了chatGPT,写了window脚本挺好用的,省了不少事,这里记录一
  • 2024-08-03Bold信号与fNIRS信号的区别
    问题在前期学习fNIRS后,我明白fNIRS与fMRI有着非常相似的观测对象,两者都是基于血液响应函数的,都是间接观测法。这就引发了一个思考:fMRI获得的Bold信号与fNIRS获得信号是一样的吗?或者说fNIRS信号也能叫Bold信号吗?解答在前期没有系统学习和老师带领的条件下,我自己常常会把它们两者
  • 2024-07-24DICOM格式转NII格式——SPM12批量码
     运行说明:subjectsdir换成自己的文件夹地址,有多少个受试者的DICOM就有多少个subjects子元素。 %-----------------------------------------------------------------------%Jobsavedon02-Sep-201918:21:16bycfg_util(rev$Rev:6942$)%spmSPM-SPM12(7219
  • 2024-02-26Python嵌套绘图并为条形图添加自定义标注
    论文绘图时经常需要多图嵌套,正好最近绘图用到了,记录一下使用Python实现多图嵌套的过程。首先,实现Seaborn分别绘制折线图和柱状图。'''绘制折线图'''importseabornassnsimportmatplotlib.pyplotaspltimportwarningswarnings.filterwarnings("ignore","use_inf_as_n
  • 2023-11-16Natural Image Reconstruction from fMRI using Deep Learning: A Survey
    NaturalImageReconstructionfromfMRIusingDeepLearning:ASurveyZarinaRakhimberdina1,3,QuentinJodelet1,3,XinLiu2,3,∗,TsuyoshiMurata1,3一句话概括:介绍了各种自然图像重构方法(生成模型和非生成模型)以及评价指标,并提出了综合评价各模型的方法。介绍fMR
  • 2023-10-24学习笔记430—fMRI数据处理
    产生的一系列文件中:https://www.bilibili.com/video/BV1U5411s7kg?p=3  严老师视频(1)头动矫正 其中FD_Jenkinson最好  下面这个是很早以前用来排除被试的,现在不用了,现在都用meanFD排除  HeadMotion.tsv:显示最大或平均头动,meanFD,...一般使用meanFD后面做统计
  • 2023-10-12【fMRI笔记】杂乱版
    关于nii文件格式的链接SPMdatastructures:介绍了关于nii格式的一些详细信息,基于SPM。SPMTutorial#3:LookingattheData:介绍了在SPM中以图片形式查看nii图像的方法。SPM/Workingwith4Ddata:介绍了在如何在SPM中使用4D的nii文件,涉及3D的nii和4D的nii进行转化的方法。Sp