• 2024-09-03解决auditwheel repair过程rpath被修改的问题
    问题背景AuditWheel是一个用于修复Python的whl包的工具,例如在这个CyFES开源库中,因为使用到了Cython和CUDA编译动态链接库的技术,方便Python调用。但是在编译CUDA算子时如果使用到了运行时库,那么在第一步构建whl包的时候不会自动包含运行时库,而第二步使用auditwheel进行whl包修复的
  • 2024-08-20使用CyFES对配体运动轨迹进行数据透视
    技术背景如果我们有一个蛋白质X和一个配体Y,那么可以对这个X+Y的体系跑一段长时间的分子动力学模拟,以观测这个体系在不同结合位点下的稳定性。类似于前面一篇博客中计算等高面的方法,我们可以计算轨迹的KDE函数,然后保存成Cube格式(高斯中用于保存电子轨道的一种格式)的文件。然后就可