- 2024-02-12Linux 中 使用awk数组根据基因的PAV矩阵计算基因的存在频率
001、测试数据[b20223040323@admin1test]$lsx_gather_pav.txt[b20223040323@admin1test]$catx_gather_pav.txt##测试数据;每一行是一个个体;每一列是一个基因;矩阵中的0表示基因在这个个体中缺失,1表示基因在这个个体中存在01111
- 2023-10-05MaSuRCA 软件安装 swig/perl5/swig_wrap.cpp:342:20: fatal error: string.h: No such file or directory
001、问题MaSuRCA软件安装swig/perl5/swig_wrap.cpp:342:20:fatalerror:string.h:Nosuchfileordirectory 002、原因,当前环境处于conda的base环境,可能是函数库调用混乱。 003、解决方法,推出conda基础环境安装(base)[b20223040323@admin1MaSuRCA-4
- 2023-05-13shell中任务递交后修改循环配置文件效果
001、投递该任务(base)[b20223040323@admin1test]$lsa.txtrecord.sh(base)[b20223040323@admin1test]$cata.txt##循环配置文件110000000002500000000(base)[b20223040323@admin1test]$catrecord.sh##测试程序#!/bin/bashcata.
- 2023-04-21linux 中实现数据的每一行进行排序
001、(base)[b20223040323@admin1test2]$lsa.txt(base)[b20223040323@admin1test2]$cata.txt##测试数目689375256882427(base)[b20223040323@admin1test2]$foriin{1..3};dosed-n"$i"pa.txt|sed's//\n/g'|
- 2023-03-16linux 中实现提取排除指定系列字符串以外的数据
001、(base)[b20223040323@admin1test]$lsa.txtb.txt(base)[b20223040323@admin1test]$cata.txt##测试数据GENE=3BHSD11GENE=A3G
- 2023-02-22linux 中 awk命令实现将fasta文件中每个scaffold中的所有碱基转换为一行
001、[b20223040323@admin1test]$lstest.fa[b20223040323@admin1test]$cattest.fa##测试数据>chr1aabbccddeeff>chr2xxyyzzqqgg>chr3ddjjiills
- 2023-02-16linux 中while read循环结构中使用IFS指定分割符
001、[b20223040323@admin1test]$lsa.txt[b20223040323@admin1test]$cata.txt##测试数据d_jjkdd_kk[b20223040323@admin1test]$cata.txt|
- 2023-02-15linux 中 grep命令的-x选项
grep中的-x选项表示当前行只存在匹配项时才输出。001、[b20223040323@admin1test]$lsa.txt[b20223040323@admin1test]$cata.txt##测试数据ID
- 2023-02-11samtools 实现对bam文件统计测序深度 和 比对率
001、利用samtools计算每一个位点的测序深度[b20223040323@admin1test]$ls##测试bam文件SRR21814498.sorted.markdup.bamSRR2181
- 2022-10-27linux 系统中如何判断字符串是否相同
001、[b20223040323@admin1test2]$lstest.sh[b20223040323@admin1test2]$cattest.sh##测试脚本#!/bin/basha="abc"b="abc"if[$a==$b]thene