- 2024-11-01MindSponge分子动力学模拟——增强采样(2024.11)
技术背景关于增强采样(EnhancedSampling)算法的具体原理,这里暂不做具体介绍,感兴趣的童鞋可以直接参考下这篇综述文章:Enhancedsamplinginmoleculardynamics。大致的作用就是,通过统计力学的方法,使得目标分子的CV(CollectiveVariables)具有一个尽可能大的采样子空间,并且可以将其还
- 2024-09-30残基和原子
从您提供的aa_feature类的截图信息来看,以下是对aa_feature类中各个属性的整理:主要属性说明aa_embedding:residue_embedding:一个嵌入层,形状为(25,64),用于表示氨基酸残基的嵌入。res_pos_embedding:一个嵌入层,形状为(192,64),用于表示氨基酸残基的位置嵌入。atom_
- 2024-08-30Atomic Operation
原子操作GPU的原子操作是指在并发环境下,多个线程可以安全地对共享变量进行读写的操作。这些操作是不可分割的,意味着在一个线程的原子操作没有完成之前,其他线程不能中断或观察到其操作的中间状态。这在多线程环境中尤为重要,特别是在并行计算的场景中,比如GPU。常见的原子操作类型
- 2024-08-22SPONGE进阶教程:MetaDynamics的简单用例
前序课程1前序课程2场景简述蛋白与配体对接后,采用通常的分子动力学模拟,通常会采样得到势阱附近的大量结构(如下图左L-P),即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程,需要克服一个解离能垒,去到L-P*,甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不
- 2024-08-09linux2
文件权限1.文件权限概念ls-l查看文件权限total4-rw-r--r--1zhaozhao1766nov99:25mypass文件的访问权限连接数文件用户名文件用户所在用户组名文件的大小上次文件修改日期上次文件修改时间文件名r可读w可写x可执行命令chmoda(所有人)+rchmodg(代表grou
- 2024-07-08两张图带你全面了解React状态管理库:zustand和jotai
zustand和jotai是当下比较流行的react状态管理库。其都有着轻量、方便使用,和reacthooks能够很好的搭配,并且性能方面,对比React自身提供的context要好得多,因此被很多开发小伙伴所喜爱。更有意思的是,这两个库的作者是同一个人,同时他还开源了另外一个状态库valtio,并没来得及研究
- 2024-07-07【Three.js 分子/晶体结构解析教程】
Three.js分子/晶体结构解析教程环境准备最终效果思路解析1、基本配置2、解析结构3、进行解析1)原子部分2)连健部分3)晶格部分4)绘制位置调整5)绘制环境准备目前使用的Three.js版本是0.165.0npmithree最终效果结构化学式Al4As14思路解析绘制分子/晶体结构首先
- 2024-06-14Llama2的安装部署运行Atom模型的操作步骤
一、Llama2的安装部署操作步骤1.1、docker环境的使用说明:根据服务器部署的环境来分析,由于此服务器为多人使用,且不相互影响,故此服务器需要进行自己的docker环境下,如果是自己部署那么本身便不存在docker直接滤过1.1即可。1.1.1、启用docker环境服务器环境执行dockerrun-i
- 2024-06-03如何用atom开发python
atom是一款非常好用的编辑器,但是他不能运行终端,所以让我们看看如何在atom上运行python程序吧。步骤如下:1、打开你的atom编辑器。2、按组合键ctrl+shift+p,然后输入setting,按回车键或者点击菜单栏中的“file”,再选择“setting”。3、选择“install”,点击搜索框。4、搜索“
- 2024-05-27MindSponge分子动力学模拟——多路径分子模拟(2024.05)
技术背景在前面的MindSponge教程系列博客中,我们已经介绍过MindSponge分子动力学模拟框架的基础功能使用方法,例如MindSponge的安装与使用、定义分子系统、计算单点能和迭代器等等。这些模块和功能,更多的是凭借MindSpore深度学习框架的自动微分、GPU加速和Python语言的灵活性,而本文
- 2024-05-20atom开发
执行python进入指定目录下载插件dogle@DESKTOP-KI961IKMINGW64~/.atom/packages$gitclonehttps://github.com/lsegal/atom-runner.gitCloninginto'atom-runner'...remote:Enumeratingobjects:551,done.remote:Total551(delta0),reused0(delta0),pac
- 2024-03-29深入理解nginx mp4流媒体模块[下]
深入理解nginxmp4流媒体模块[上]深入理解nginxmp4流媒体模块[中] 以下对各个mp4的加载过程依次进行分析。1.加载ftypatom 加载ftypatom的逻辑由ngx_http_mp4_read_ftyp_atom函数来完成,其最主要的逻辑就是将文件中读取到的ftypatom放到ngx_http_mp4_file_t上
- 2024-03-22MindSponge分子动力学模拟——自建力场(2024.03)
技术背景在MindSponge教程合集中我们已经介绍了很多使用MindSponge进行分子动力学模拟的方法,这里主要介绍在MindSponge中自定义一个力场。在传统的MD软件中,如果你希望去开发一个自己的力场,或者是添加一些分子动力学模拟方法如增强采样等,会面临不少编程上的困难。而这些困难对于使
- 2024-03-15英飞凌TC3xx之一起认识GTM(十四)详细说说GTM子模块ATOM(通道模式及应用举例: SOMP)
英飞凌TC3xx之一起认识GTM(十四)详细说说GTM子模块ATOM(通道模式及应用举例:SOMP)1概述1.1连续向上计数模式1.1.1当RST_CCU0=0时1.1.2当RST_CCU0=1时1.1.3小结1.2连续上下计数模式1.3ARU控制的更新1.4CPU控制更新1.5One-shot模式和Continuous模式
- 2024-03-13生物分子体系结构预测开源模型RoseTTAFold All-Atom的conda环境部署及使用
欢迎浏览我的CSND博客!Blockbuater_drug…点击进入文章目录前言一、RoseTTAFoldAll-Atom(RFAA)是什么?二、安装步骤1.安装mamba(非必须的,conda也可以)2.下载RoseTTAFold-All-Atom3.创建conda环境并安装4.安装SE3T5.准备cs-blast6.安装signalp67.下载序列和模板
- 2024-02-19MindSponge分子动力学模拟——定义Collective Variables(2024.02)
技术背景在前面的几篇博客中,我们介绍了MindSponge分子动力学模拟框架的基本安装和使用和MindSponge执行分子动力学模拟任务的方法。这里我们介绍一个在增强采样领域非常常用的工具:CollectiveVariable(CV),或者我们也可以直接称呼其为一个物理量。因为像化学反应或者是蛋白质折叠等
- 2024-02-02erlang学习笔记一
Elang是一种函数式编程语言,具有一些独有的数据类型和数据结构.以下是Erlang中的常见数据类型和数据结构.1.Atom(原子):Atom是一个不可变的符号常量,用于表示标识符和常量.Atom以小写字符开头,可以包含字母,数字,下划线和@符号.例如:ok,hello,true。2.NUmber(数字):数字可以是
- 2023-12-06无涯教程-Erlang - list_to_atom函数
此方法用于将列表项转换为原子。list_to_atom-语法list_to_atom(listvalue)listvalue - 这是需要转换为原子的列表值。list_to_atom-返回值基于列表值输入的原子。-module(helloLearnfk).-export([start/0]).start()->io:fwrite("~p~n",[list_to_atom("a
- 2023-12-06无涯教程-Erlang - is_atom函数
此方法用于确定术语是否确实是原子。is_atom-语法is_atom(term)term - 这是需要判断其是否为原子的值。is_atom-返回值如果条件值是一个原子,则返回true,否则将返回false。-module(helloLearnfk).-export([start/0]).start()->io:fwrite(atom1),io:fw
- 2023-11-24两巨头Facebook 和 GitHub 联手推出 Atom-IDE
9月13日,GitHub宣布与Facebook合作推出了Atom-IDE——它包括一系列将类IDE功能带到Atom的可选工具包。初次发布的版本包括更智能、感知上下文的自动完成;导航功能,如大纲视图和定义跳转(outlineviewandgoto-definition),以及其他有用的功能;还包括错误、警告提醒和格式化
- 2023-10-23无涯教程-Clojure - 原子(Atoms)
Atoms原子是Clojure中的一种数据类型,提供了一种管理共享,同步,独立状态的方法,原子就像任何其他编程语言中的任何引用类型一样。原子的主要用途是保存Clojure的不可变数据结构。原子是通过atom方法创建的。(nsclojure.examples.example(:gen-class))(defnexample[](de
- 2023-10-11 开课吧前端1期.阶段3-1:软件的使用 (bower,atom, node)
今天主要不讲课,试试环境软件:(推荐,有自己熟悉的用自己的)1.编辑器:atom支持插件: atom-typescript language-vue language-weex markdown-preview-plus2.服务器:wamp(apache+mysql)、xampp、nginx web服务器(要能支持php)——Apache 数据库——MySQL3.Phot
- 2023-08-30MindSponge分子动力学模拟——定义一个分子系统(2023.08)
技术背景在前面两篇文章中,我们分别介绍了分子动力学模拟软件MindSponge的软件架构和安装与使用教程。这里我们进入到实用化阶段,假定大家都已经在本地部署好了基于MindSpore的MindSponge的编程环境,开始用MindSponge去做一些真正的分子模拟的工作。那么分子模拟的第一步,我们就需要
- 2023-08-28atom配置latex环境
atom配置latex环境atom官网链接:https://github.com/atom/atom添加atom组件在下载好atom之后,需要添加三个组件:latex,language-latex以及pdf-view,如下图所示:atom中的组件的安装方式是:File->Settings->Install,分别查找这三个packet并下载。但最近的尝试都报错“certificate
- 2023-06-26编辑器atom下载
atomdownloadhttps://pulsar-edit.dev/download.html