• 2024-12-23PySAGES结合CUDA SPONGE增强采样
    技术背景在前面的一篇博客中,我们介绍过PySAGES这个增强采样软件的基本安装和使用方法。该软件类似于Plumed是一个外挂增强采样软件,但是PySAGES是基于Python语言和Jax框架来实现的,在性能上有一定的优势。这里我们结合PySAGES的易开发特性,和CUDASPONGE的高性能特性,做一个简单的扩
  • 2024-11-28CudaSPONGE之Python接口
    技术背景在上一篇博客中我们介绍了CudaSPONGE的基本安装和使用方法。为了性能考虑,CudaSPONGE是基于纯CUDAC开发的,但是现在很多轮子都是Python开发的。为兼容更多的框架和平台,CudaSPONGE也提供了相应的PythonAPI,方便Python开发者调用与二次开发。接口逻辑虽然安装和操作的过程
  • 2024-08-22SPONGE进阶教程:MetaDynamics的简单用例
    前序课程1前序课程2场景简述蛋白与配体对接后,采用通常的分子动力学模拟,通常会采样得到势阱附近的大量结构(如下图左L-P),即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程,需要克服一个解离能垒,去到L-P*,甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不
  • 2024-08-02SPONGE常用教程:蛋白+配体模拟3
    前序课程1前序课程2目录应用场景简述;-[Done]DSDP:蛋白-配体对接;-[Done]XPONGE:蛋白-配体建模,加溶剂;-[Done]SPONGE:能量极小化-NVT-NPT-正式模拟;-[Done]XPONGE:数据简单后处理。5.XPONGE:数据简单后处理经过1ns的SPONGE分子动力学模拟,得到了轨迹文件"mdcrd.dat
  • 2024-07-29SPONGE常用教程0:软件安装教程
    课程准备阶段,介绍最简明安装流程,安装过程中如果遇到其他问题,请移步官方教程。第三方软件只提供个人安装心得。软件安装环境默认为linux。软件支持SPONGE(SimulationPackagetOwardNextGEnerationmolecularmodelling)是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。XPO
  • 2024-07-25SPONGE常用教程:蛋白+配体模拟2
    前序课程目录应用场景简述;-[Done]DSDP:蛋白-配体对接;-[Done]XPONGE:蛋白-配体建模,加溶剂;-[Done]SPONGE:能量极小化-NVT-NPT-正式模拟;XPONGE:数据简单后处理。4.SPONGE:能量极小化-NVT-NPT-正式模拟文件下载进入建模文件目录,如下图:SPONGE输入文件采用独特的参
  • 2024-07-24SPONGE常用教程:蛋白+配体模拟1
    软件支持SPONGE(SimulationPackagetOwardNextGEnerationmolecularmodelling)是由北京大学高毅勤课题组开发的分子动力学模拟程序。安装教程XPONGE使用python编写的分子动力学模拟前后处理工具。简易安装:pipinstallgit+https://gitee.com/gao_hyp_xyj_admin/xponge.gitDS