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编程问答
PySAGES
2024-12-23
PySAGES结合CUDA SPONGE增强采样
技术背景在前面的一篇博客中,我们介绍过PySAGES这个增强采样软件的基本安装和使用方法。该软件类似于Plumed是一个外挂增强采样软件,但是PySAGES是基于Python语言和Jax框架来实现的,在性能上有一定的优势。这里我们结合PySAGES的易开发特性,和CUDASPONGE的高性能特性,做一个简单的扩
2024-11-26
PySAGES实记
技术背景PySAGES是一款可以使用GPU加速的增强采样插件,它可以直接对接到OpenMM上进行增强采样分子动力学模拟,这里我们测试一下相关的安装,并尝试跑一个简单的增强采样示例。安装PySAGESPySAGES本身可以使用pip进行安装:python3-mpipinstallgit+https://github.com/SSAGE