• 2024-08-22SPONGE进阶教程:MetaDynamics的简单用例
    前序课程1前序课程2场景简述蛋白与配体对接后,采用通常的分子动力学模拟,通常会采样得到势阱附近的大量结构(如下图左L-P),即蛋白-配体结合构象的平均系综。如果想要探究蛋白-配体解离过程,需要克服一个解离能垒,去到L-P*,甚至更远的L+P解离状态。这时候静候模拟体系自然地运动过去是不