CellCharter能够自动识别空间域，并提供一套用于集群表征和比较的方法。最近用它来做空间邻域分析还挺方便的。算法流程：1.输入数据：包括mRNA或蛋白表达的特征矩阵及细胞/spot的空间坐标。2.降维和批次效应校正：利用变分自编码器（VAE）对特征矩阵进行降维，同时校正因技术或批次