全基因组预测（或全基因组选择）在缩短动植物育种周期、提高育种效率等方面起到越来越重要的作用。在以往的研究中，通常只有基因组序列信息被用于全基因组预测中，但植物复杂性状的形成受到多个维度的遗传信息调控，包括基因组序列、基因转录调控、基因甲基化修饰、染色体三维结构与修饰等