如何捕获来自 Chem.MolFromSmiles('Formula') 的错误消息

我是这个 rdkit 的新手，下面是我用来从公式获取化学图像的代码，

from rdkit import Chem
m = Chem.MolFromSmiles('OCC1OC(C(C(C1O)O)O)[C]1(C)(CO)CC(=O)C=C(C1CCC(=O)C)C')
m

如果代码正确，它会显示结构。上面的代码显示错误说

"[15:23:55] Explicit valence for atom # 11 C, 5, is greater than permitted"

我尝试添加 try catch，但是没有帮助。

我需要捕获此异常/消息并将其显示给用户。

我们该如何做到这一点？| ||在此发布图片 Issue Image Here

try:
   from rdkit import Chem
   m = Chem.MolFromSmiles('OCC1OC(C(C(C1O)O)O)[C]1(C)(CO)CC(=O)C=C(C1CCC(=O)C)C')
   m
except Exception as e:
   print(e)

遇到的问题在于 Chem.MolFromSmiles 函数在 RDKit 中默认不会引发异常。它返回一个 None 值，并在遇到错误的 SMILES 字符串时将错误消息打印到控制台。

这就是的 try-except 块没有按预期工作的原因——实际上没有引发异常来捕获。

可以通过以下方法解决此问题：

1. 检查返回值： 检查 Chem.MolFromSmiles 的返回值。如果返回 None ，则表示存在错误。可以使用 rdkit.Chem.rdBase.GetErrorMessage() 检索错误消息。

```python from rdkit import Chem

smiles_string = 'OCC1OC(C(C(C1O)O)O)[C]1(C)(CO)CC(=O)C=C(C1CCC(=O)C)C' m = Chem.MolFromSmiles(smiles_string)

if m is None: error_message = Chem.rdBase.GetErrorMessage() print(f"SMILES 字符串 '{smiles_string}' 无效：{error_message}") else: # 在这里继续处理分子 'm' m ```

1. 启用显式异常： 从 RDKit 版本 2020.03.03 开始，可以启用一个选项，使 Chem.MolFromSmiles 在遇到错误的 SMILES 字符串时引发显式异常。这可以通过设置 rdkit.Chem.SetOptions 中的 sanitize 选项来实现。

```python from rdkit import Chem

Chem.rdBase.DisableLog() # 可选：抑制警告消息 Chem.SetOptions('sanitize=True') # 在遇到错误时启用异常

try: m = Chem.MolFromSmiles('OCC1OC(C(C(C1O)O)O)[C]1(C)(CO)CC(=O)C=C(C1CCC(=O)C)C') # 如果 SMILES 字符串有效，则在此处处理分子 'm' except Exception as e: print(f"发生错误：{e}") ```

这两种方法都可以帮助捕获并向用户显示错误消息。选择觉得在的代码中更易读、更易于维护的方法。