官网上好像并没有直接给相应的接口和方法。
发现一种有效的方法：
先说方法：
ScrollViewer sv = flowScrollViewer.Template.FindName("PART_ContentHost", flowScrollViewer) as ScrollViewer;
sv.ScrollToEnd();
其中flowScrollViewer是控件FlowDocumentScrollViewer的名称。
原理：
该控件的ControlTemplate如下：
可以看到里面的ScrollViewer的名称正是PART_ContentHost，所以可以取到这个控件，然后进行操作。
而怎么查看它的ControlTemplate，可以查看我的github上的代码：
https://github.com/JohnYang1210/WPFTestDemo
中的ControlDetailTemplateShow.xaml即可。