以Xilinx 公司Virtex-II 系列FPGA 为例，其基本结构由下图所示。它是主要由两大部分组成：可编程输入/输出（Programmable I/Os）部分和内部可配置（Configurable Logic）部分。
可编程输入/输出（I/Os）部分主要提供芯片与外界电路的交互接口，完成不同电气特性下对输入输出信号驱动与匹配的要求。
它被设计成可编程模式，即可以用软件灵活设置，从而调整输出驱动电流的大小以及匹配阻抗特性。同时，它能够支持多种前沿的I/O 标准。
目前，I/O 口的工作频率也日益增加，有些FPGA可以支持高达2Gbps 的数据速率。
内部可配置部分则是功能实现的主体，其主要由以下五大单元组成：
1.配置逻辑单元（Configurable Logic Block，CLB）
主要用于实现组合逻辑或者时序逻辑，包括作为基本的存储单元。每个CLB 由四个Slice 和两个三态缓冲（TBUF）组成，并通过开关矩阵与布线矩阵进行连接，如下图 所示。
四个Slice 可以组成一个移位链，分成上下两组后，每组又都有其各自独立的进位链。Slice 的内部结构是上下对称的，其上半部分结构如下图所示。它是由两个四输入的函数发生器(F 函数和G 函数)、进位逻辑、算数逻辑、多路选择器和两个存储单元构成。
其中，函数发生器本质上而言，就是根据函数表达式去查找已存的数据表。所以，它可以被配置成四输入的查找表（Look Up Table，LUT）、分布式RAM/ROM 或者是16bit 的移位寄存器。
2.块存储单元（Block SelectRAM，BRAM）
FPGA 内嵌了可编程的BRAM，扩大了其应用领域，增加灵活性。BRAM 可以配置成单端口RAM（如下图 所示），
或者是双端口RAM（如下图所示）。以XC2V3000 FPGA 为例，它的大小为18Kb，每个端口都是同步且独立的。根据深度和宽度的不同，BRAM 的大小可以在16Kx1bit 到512x36bit 范围内进行配置。另外，当需要实现更大的存储空间时，则可以通过级联多个BRAM。
3.乘法器单元（Multiplier）
FPGA 内嵌单元除了BRAM 外，还包括乘法器。与用Slice 实现乘法功能相比，内嵌乘法器运算速度更高，且功耗更低。以XC2V3000 为例，乘法器单元最大可以实现18bit x 18bit，如下图所示。
在实际应用中，比如在有限脉冲响应（Finite Impulse Response，FIR）滤波器或者无限脉冲响应（Infinite Impulse Response，IIR）滤波器中用到的数字信号处理器（Digital Signal Processor，DSP）和乘法累加器（Multiplier Accumulator，MAC）功能，通常是将乘法器单元与BRAM 配合使用，从而能够充分利用两者的优点。
4.数字时钟管理（Digital Clock Manager，DCM）
提供一个具有自我校准、时延补偿、分频倍频和移相功能的时钟管理单元。在FPGA 设计中，结合全局时钟选择缓冲和DCM，让从DCM 输出的时钟通过FPGA 内部全局时钟树到达每一个触发器，且延时基本上是相同的，这大大提高FPGA 设计的工作频率。
5.布线资源
它使FPGA 内部的所有单元互联互通，而不同的布线类型、策略决定了信号的传输速度和延时。
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