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F1000 Research 准备研究文章

时间:2024-06-02 20:54:22浏览次数:28  
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本页提供有关为 F1000Research 撰写研究文章的信息,包括文章中必须包含的关键部分。另请参阅F1000Research的编辑政策此处提供了研究文章的模板。 标准 研究文章应呈现发现和见解的独创性,并为各自的研究领域提供理论、实证、实验和/或方法论的进步。还鼓励对无效和阴性发现以及对先前研究的重新分析,从而得出新的结果,以及确认性结果。 语言 所有文章必须用良好的英语撰写。英式英语和美式英语均被接受,但这必须在整个稿件中保持一致。请注意,文章在发表前不会经过F1000Research的编辑,如果认为稿件难以理解且不适合同行评审,则可能会在初始检查过程中被拒绝。 对于第一语言不是英语的作者,让以英语为母语且具有科学专业知识的人阅读手稿可能会有所帮助。有许多商业编辑服务可以向作者提供这项服务,但需要付费。 主要部分   1. 作者 所有作者都应该对工作做出重大贡献,并同意对他们所做的部分工作负责。所有作者都应批准最终版本发表(有关详细信息,请参阅ICMJE对提交给生物医学期刊的手稿的统一要求)。作为作者意味着对文章内容负全部责任,并且作品符合我们的编辑政策。对于大型的多中心合作,必须将对稿件承担直接责任的个人列为作者。 每位作者的贡献的详细信息必须列在“作者贡献”部分。 任何有贡献但不符合作者标准的人都应列在“致谢”部分。必须声明任何专业医学作家协助的参与。   2. 标题 请提供一个简明扼要的标题,清楚地反映文章的内容。   3. 摘要 摘要应长达 300 字,并提供文章的简明摘要。虽然摘要应该解释为什么这篇文章可能很有趣,但工作的重要性不应该被过分强调。引文不应用于摘要。如果需要,应拼写出缩略语。摘要分为背景、方法、结果和结论。   4. 关键词 作者应提供最多八个描述其文章主题的相关关键字。这些将提高您文章的可见性。   5. 主体 文章正文的格式是灵活的:它应该简明扼要,便于阅读和审查,并以适合所呈现研究类型的格式呈现。一篇研究文章不应超过 20,000 字。 对于大多数研究文章,以下标准格式将是最合适的:
  • 介绍
  • 方法
  • 结果
  • 结论/讨论
介绍 研究的背景应参照以前的工作进行介绍。应提出研究问题。   方法 F1000Research致力于为研究界服务,确保所有文章都包含足够的信息,以允许其他人复制工作。考虑到这一点,方法部分应提供所用材料和方法的足够细节,以便其他人可以重复这项工作。根据许多报告指南,本节还应简要讨论为控制偏倚或不需要的变异来源而做出的允许(如果有的话)。应讨论数据集的任何局限性。 在适用的情况下,我们还鼓励作者在 protocols.io 上提交其协议的分步说明,在那里他们可以使用 https://doi.org/10.17504/protocols.io 获得持久性数字对象标识符 (DOI),该标识符可以包含在本文的“方法”部分。[PROTOCOL DOI] 作为格式(例如 https://doi.org/10.17504/protocols.io.hrkb54w)。作者应注意,该协议仅在 protocols.io 上选择“发布”后才会公开。 如果研究涉及使用已由先前研究验证的问卷,则应引用该问卷并提供指向已验证问卷的 URL 链接。如果作者创建了新颖的问卷(或进行了翻译),则文章必须说明问卷是否已通过验证,并提供以下信息:
  • 初始 ace 有效性测试
  • 初步试点测试
  • 可靠性测试(内部一致性、重测、评分者间)
  • 初步测试导致的任何更改
新的问卷应作为扩展数据提供。   结果 结果应清晰地呈现,所有基础数据要么在稿件的正文中,要么根据我们的数据指南存放在可公开访问的存储库中。   讨论 结果应结合现有文献进行讨论。应介绍和讨论该研究的优点和缺点。应提出今后的工作方向。   预注册数据分析 作者必须包括一份声明,说明他们是否在独立注册处(例如,https://clinicaltrials.gov/https://www.socialscienceregistry.org/https://openscienceframework.org/https://egap.org/design/registration/、https://ridie.3ieimpact.org/)预先注册了有或没有数据分析计划的研究。 请在文本中包括所有预先注册的分析,并披露分析计划的任何更改。明确区分预先注册的分析和未注册的分析。 稿件中必须提供预注册链接,并在出版前进行验证。   6. 数据和软件可用性 基础数据 所有文章都必须包含数据可用性声明,即使没有与文章相关的数据 - 有关更多信息,请参阅我们的数据指南政策。 数据可用性声明应详细说明如何、在何处以及在何种条件下可以访问结果所依据的数据;有关实用指南,请参阅我们的数据指南页面;以及我们批准的数据存储库列表。 数据可用性声明应遵循以下格式: [数据存储库名称]。[数据集标题]。[永久标识符]。 此项目包含以下基础数据:
  • 文件标题。(文件中的数据描述)。
  • 文件标题。(文件中的数据描述)。
数据可根据 [许可名称] 的条款提供。 例如: OSF:申请人和伦理专家在地平线 2020 赠款提案中确定的伦理问题。https://doi.org/10.17605/OSF.IO/T765V(Buljan 等人,2021 年)。 此项目包含以下基础数据:
  • 数据文件 1.Datasets.xlsx
数据根据知识共享零“不保留权利”数据豁免(CC0 1.0 公有领域奉献)的条款提供。 示例摘自:Buljan I、Pina DG 和 Marušić A. 申请人和伦理专家在地平线 2020 赠款提案中确定的伦理问题 [第 2 版;同行评审:2 次批准]。F1000研究 2021, 10:471 (https://doi.org/10.12688/f1000research.52965.2). 如果您已将数据集存放在结构化的、特定主题的存储库中,例如 INSDC 成员存储库,您可能会收到一个登录代码作为永久标识符,并且知识共享许可将不适用。 在这种情况下,数据可用性声明应遵循以下格式: NCBI 基因:Ihe1 肠蠕虫排出 1 [Mus musculus(家鼠)]。藏品编号107537。   受限数据 某些数据可能出于合法原因受到限制,包括数据保护、版权或与道德或隐私有关的原因。在这些情况下,“数据可用性”语句应提供对数据的限制的完整详细信息,以及如何、在何处以及在什么条件下访问结果所依据的数据。请提供我们数据政策中相关例外情况下列出的所需信息。   扩展数据 F1000Research 中的文章没有图形或表格限制。支持论文中关键主张但并非绝对需要遵循研究设计和结果分析的其他材料,例如问卷、支持图像或表格,可以作为扩展数据包括在内;材料和方法的描述应该在正文中。扩展数据的格式应支持在 CC0 或公共领域专用或 CC-BY 4.0 仅署名许可下重复使用。应注意确保在这种情况下发布扩展数据不会妨碍在其他地方进行主要发布。如果您打算在另一家期刊上发表基于扩展数据的其他研究文章,您应该确保以这种方式发布您的扩展数据不会被您选择的期刊视为“先前发表”。 如果您有任何扩展数据,请将这些材料存放在经批准的存储库中,并使用以下格式在手稿的“扩展数据”副标题下注明标题、存储库名称、DOI 或登录号和许可证。在正文中应引用相关扩展数据。 [数据存储库名称]。[数据集标题]。[永久标识符]。   此项目包含以下扩展数据:
  • 文件标题。(文件中数据的说明。
  • 文件标题。(文件中数据的说明。
数据可根据 [许可名称] 的条款提供。 有关实用指南,请参阅我们的数据指南页面;以及我们批准的数据存储库列表。 请注意,可用于直接识别参与者的信息不应包含在基础和扩展数据集中,除非他们已明确允许共享其详细信息。有关更多信息,请参阅我们的数据指南。   软件和代码 所有文章都应包含查看所描述的数据集或复制分析所需的任何软件和代码的详细信息。有关更多信息,请参阅我们的数据指南政策。 如果使用软件处理、存储或分析数据,请注明所用软件的版本号。 在使用专有软件的情况下,还请包括可以执行相同功能的开放获取替代方案。我们认识到,在某些情况下,这可能不可行。请参阅我们的软件可用性政策以获取更多信息,或联系编辑团队(如果是这种情况)。 如果您正在描述新软件,请在版本控制系统 (VCS) 上提供源代码,例如 GitHub、BitBucket 或 SourceForge,并在文章中提供存储库的详细信息以及可以使用该软件的许可证。在提交软件时,请将软件的存档副本存放到公认的存储库。您应该在稿件中包括以下声明:
  • 软件可从以下位置获得:可从中下载软件的网站的 URL(如果适用)。
  • 源代码可从以下位置获取:版本控制系统(例如 GitHub)的 URL。
  • 发布时存档的源代码:Zenodo 中项目的 DOI 和引文(请为您的文章所依据的版本选择适当的 DOI)。
  • 许可证:必须是开放许可证,最好是 OSI 批准的许可证
7. 报告准则 报告准则的标准有助于作者确保他们提供了对其研究的全面描述,使其他人更容易评估和复制工作;有关更多详细信息和全面概述,请参阅 FAIRSharing 计划。可以使用FAIRSharing网站上的MIBBI Foundry过滤器找到可用的生物研究报告指南。 F1000Research 中的文章必须符合基于共识的最低研究报告准则。可以在EQUATOR健康研究网络网站上找到可用报告指南的综合列表。 许多报告指南提供了清单,包括: 请将填妥的报告清单和流程图存放在经批准的通用存储库中;在稿件的数据可用性声明中包括指南类型、存储库名称、DOI 和许可证,格式如下: 存储库:“论文标题”的 CONSORT 清单。https://doi.org/10.5256/repository.4591.d34639。 数据根据知识共享零“不保留权利”数据豁免(CC0 1.0 公有领域奉献)的条款提供。 临床试验:F1000Research 中报告临床试验的文章必须遵守 CONSORT 报告指南。对于干预方法本身的报告,F1000Research 认可 TIDieR 清单,这是 CONSORT 声明的扩展。我们要求作者附上原始试验方案的副本和完整的CONSORT清单流程图作为支持文件,这些文件将与文章一起发布。试验注册号和注册日期必须包含在“方法”部分。任何偏离原始试验方案的情况都必须在文章中解释。如果与您的文章相关的数据与临床试验相关,则必须提供试验注册详细信息:注册表数据库中的注册名称、注册号、注册日期和试验的 URL。我们支持公开披露所有临床试验结果(根据美国 2007 年 FDA 修正案的规定),例如在公共网站(如 clinicaltrials.gov)上披露。在此类网站上披露结果并不排除在F1000Research中发表报告和/或分析相同数据集的文章。有关试验注册的更多详细信息,请参阅我们的编辑政策。 动物研究:F1000Research 认可 ARRIVE 指南;我们鼓励作者在研究开始前查阅指南,所有涉及动物的研究都必须按照这些指南进行报告。该准则适用于所有物种,包括非受保护物种和无脊椎动物。 所有报告体内实验的文章必须符合 ARRIVE Essential 10 清单,我们鼓励作者确保他们的报告符合完整的 ARRIVE 2.0 清单。作者应在文章中附上一份完整的ARRIVE清单,该清单将在文章发表时包含在文章的“报告指南”部分。由于您的文章的在线版本没有页码,请在填写清单时使用章节名称而不是页码。 NC3R 对指南的每个项目进行了详细解释,并提供了来自已发表文献的良好报告示例。 研究中的性别和性别平等:F1000Research 认可 SAGER 指南,用于在研究设计、数据分析和结果中报告性别和性别信息。简要:
  • 作者应确保在整篇文章中正确使用“性别”和“性别”这两个术语。
  • 标题/摘要:应该清楚结果是否只能应用于一种性别或性别。
  • 简介:如果结果中预计存在性别和性别差异,则应说明这些差异。
  • 方法
    • 如果在研究设计时考虑了性别和性别差异,则应说明这些差异。如果不考虑这些因素,则应说明理由。
    • 应根据自我报告,在对身体特征进行外部或内部检查后分配,或通过基因检测或其他方式说明如何定义参与者的性别。
  • 结果:数据应按性别和性别分列。
  • 讨论:应讨论性别和性别差异对结果的影响。如果没有进行性别或性别分析,则应说明理由。
我们鼓励作者在进行研究和撰写文章之前查阅指南。我们的 SAGER 指南清单可以在这里找到8. 道德与同意 道德政策:所有研究都必须在适当的伦理框架内进行。对于涉及人类或动物的研究,必须在“方法”部分提供作者所在机构或伦理委员会批准的详细信息。有关更多信息,请参阅我们编辑政策中详细的“道德”部分。 同意:对于涉及患者/参与者数据或信息的文章(例如个人基因组学文章、病例报告、临床试验、问卷调查、观察),作者必须确保他们已获得所有相关受试者(或未成年人的法定监护人,或参与者已故时的近亲)的书面知情同意书。如果 F1000Research 团队要求,请准备好提供此类同意书的副本。有关详细信息,请参阅我们的编辑政策。 如果适用,请包括标题为“同意”的部分,并说明“从参与者/患者/父母/监护人/参与者/患者的亲属处获得了发布参与者/患者详细信息和/或其图像的书面知情同意书”。 9. 作者贡献 我们正在使用 CRediT 分类法来捕捉作者的贡献,因为我们相信,更详细地了解谁做了什么会带来透明度,使研究人员得到认可,并为所有相关人员提供更大的问责制。欲了解更多信息,请点击这里。 您不需要在稿件中包含“作者贡献”部分:在提交时,您将被要求提供每位作者的贡献,从下面的列表中选择。任何有贡献但不符合作者标准的人都应列在“致谢”部分。
参与者角色 角色定义
概念化 想法;总体研究目标和目的的制定或演变。
数据管理 管理活动,用于注释(生成元数据)、清理数据和维护研究数据(包括软件代码,其中需要解释数据本身),以供初始使用和以后重用。
形式分析 应用统计、数学、计算或其他形式技术来分析或综合研究数据。
资金获取 获得对本出版物项目的财务支持。
调查 进行研究和调查过程,特别是进行实验或数据/证据收集。
方法论 方法的开发或设计;创建模型。
项目管理 负责研究活动规划和执行的管理和协调。
资源 提供研究材料、试剂、材料、患者、实验室样本、动物、仪器、计算资源或其他分析工具。
软件 编程、软件开发;设计计算机程序;计算机代码和支持算法的实现;测试现有代码组件。
监督 对研究活动规划和执行的监督和领导责任,包括核心团队外部的指导。
验证 验证,无论是作为活动的一部分还是单独进行的,结果/实验和其他研究成果的整体复制/再现性。
可视化 准备、创建和/或展示已发表的作品,特别是可视化/数据呈现。
写作 - 原始草稿准备 创作和/或展示已发表的作品,特别是撰写初稿(包括实质性翻译)。
写作 - 审查和编辑 由原始研究小组的人员准备、创作和/或展示已发表的作品,特别是批判性审查、评论或修订——包括出版前或出版后阶段。
  10. 利益争夺 在F1000Research上发表的文章不得包含可能被视为“广告”的内容,并且必须包含“利益竞争”部分。任何作者的任何财务、个人或专业竞争利益,如果可能被解释为对文章内容产生不当影响,都必须披露,并将与文章一起显示。有关可能被解释为竞争利益的更多信息,请参阅我们的编辑政策。 如果您没有任何竞争利益,请添加“未披露任何竞争利益”的文字。   11. 资助信息 请说明谁资助了这项工作,是您的雇主、资助者等。请不要列出您拥有的与此特定研究无关的资金。对于每个资助者,请说明资助者的姓名、资助编号(如适用)以及资助的对象。 如果您的工作没有得到任何资助,请包括标题为“资助信息”的部分,并说明:“作者声明没有资助支持这项工作”。   12. 致谢 本节应感谢任何对文章的研究或写作有贡献但不符合作者资格的人;请明确说明他们是如何作出贡献的。作者应获得“致谢”部分中提到的所有作者的许可,以包含姓名和单位。请注意,此处不应列出赠款资金。   13. 补充材料 为确保与稿件相关的所有材料都是可见的、公平的,并接受同行评审,F1000Research 不接受补充材料的提交。有关详细信息,请参阅数据和软件可用性中的扩展数据部分。   14. 参考文献和脚注 参考文献和脚注可以以任何标准样式列出,前提是它们在给定文章中是一致的。我们允许在文章中同时使用参考文献和脚注(文本引用中的完整参考文献列表和解释性脚注)。 我们的基本要求包括:
  • 缩写和期刊名称应符合特定学科的标准。
  • 预印本可以被引用并列在参考文献列表中。
  • 未发表的摘要、已提交给期刊但尚未被接受的论文以及个人通信应包含在正文中;它们应被称为“个人通信”或“未发表的作品”,并应命名所涉及的研究人员。作者有责任获得引用被引用个人的任何个人通信的许可。
  • 网络链接应作为超链接包含在文章正文中,而不是作为参考。
  • 在其他地方(例如,在通用存储库中)发布或存放的数据集应列在“参考文献”部分,并且对数据集的引用应遵循这些示例之一
15. 图表 所有数字和表格都应在文章正文中引用和讨论。您可以拥有的图形和表格的数量没有限制。图例和表格应在稿件末尾添加。表格应使用 Word 中的“插入表格”功能进行格式化或作为 Excel 文件提供。如需更大的数据表或电子表格,请参阅我们的数据指南以获取更多信息。图表文件通常最好通过提交系统作为单独的文件上传(有关格式的信息,请参见下文)。 任何照片必须附有相关个人的书面同意才能发布。必须从图像中删除任何可用于识别相关患者或参与者的临床图像中的医疗记录编号或代码。 标题和图例:每个图或表格的标题应不超过 15 个字。还应为每个图形和表格提供图例,简要描述关键点并解释所使用的任何符号和缩写。图例应足够详细,以便图形或表格可以独立于正文。 权限:如果重复使用以前出版物中的图表或表格,作者有责任获得版权所有者的许可并支付任何费用(如适用)。请在图例中注明:“此图/表经[包括原始出版物引用]许可转载”。 图格式:对于所有图形,颜色模式应为 RGB 或灰度。 线条艺术:线条艺术的示例包括图形、图表、流程图和系统发育树。请确保文本至少为 8 磅,线条足够粗,可以在图像可能显示的大小(在 75-150 毫米宽度之间,分别转换为一列或两列宽度)清晰可见,并且图像之间的字体大小和类型一致。应使用白色背景创建图形,以确保它们在线正确显示。 如果您提交图表,请使用您用于创建图表的程序(例如 SPSS)将图表导出为 EPS 文件。如果无法做到这一点,请将创建图形的原始文件发送给我们(例如,如果您在 Excel 中创建了图形,请将带有嵌入图形的 Excel 文件发送给我们)。 如果您提交其他形式的线条艺术,例如流程图、图表或文本以显示为图像,请将图像导出为 EPS 文件(例如,如果使用专用程序创建系统发育树),或将用于创建图像的原始文件发送给我们(例如,如果使用 Adobe Illustrator,则为 EPS 或 AI 文件, 或 DOC、DOCX、PPT、PPTX 或等效文件(如果使用 Word 或 PowerPoint)。 如果上述选项都不可行,那么我们也接受分辨率至少为 600dpi 的未压缩 TIFF,其大小可能显示(见上文)。 照片和显微镜图像:照片和显微镜图像应以未压缩的 TIFF 形式提交,分辨率至少为 300dpi,其尺寸可能显示(见上文)。 混合图像:混合了半色调图像和线条艺术的图像(例如,带注释的滤色片或带有比例尺的图像)应以 500dpi 的分辨率提交为 TIFF 文件或矢量文件(e.g. EPS 或 Adobe Illustrator 文件)。请确保文本大小至少为 8pt,并且线条足够粗,以便在图像显示的大小下清晰可见。 用作数据的图像:如果您要将摄影图像作为原始数据集的一部分提交,请将其作为未压缩的 TIFF 文件提交。 图像的电子处理:使用图像编辑软件可以提高数字的清晰度,但这必须透明地进行,并且不能歪曲数据(并且必须随文章一起提供原始的、未经更改的源数据)。亮度、对比度或色彩平衡可用于增强电子图像,但此类更改必须应用于整个图像;任何非线性调整都必须在图例中明确说明。不得添加或更改图像中的特定特征(例如,放大、删除或遮盖);如果图形由来自不同来源的图像组成,例如不同的凝胶,或来自同一来源的不同部分,则必须在图形上明确说明这一点(例如,通过添加分隔线)。作者必须在文章的“方法”部分包括对以图形形式发布或作为数据上传的图像所做的所有修改的详细信息,包括用于进行这些修改的软件名称(带有版本号)。有关更多信息,请参阅我们的图像处理政策。   16. 单位、符号和数学脚本 数学脚本的格式没有严格的规定,但是,这里有一些有用的建议:
  • 应特别注意使用数学脚本,尤其是下标和上标,以及字母“ell”和数字一以及字母“oh”和数字零之间的区别。
  • 区分数学符号和字母非常重要,以确保它们始终保持一致。无论您使用哪个符号来表示哪个常数或未知数(例如,K 可以是开尔文、动能、弹簧常数或其他许多常数),请确保格式(例如罗马或斜体)和符号的大写始终保持一致,并且仅用于表示一个常数或未知数,例如:C(热容)和 c(光速);K 和 k;X、x 和 ×(乘法)等。
  • 在显示的方程式和文本中,标量变量必须为斜体,非变量必须为直立类型。
  • 对于文本中的简单分数,应使用实线“/”而不是水平线,注意在必要时插入括号以避免歧义。例外情况是可用的适当分数(例如,1/4、1/2、3/4)。
  • 固相线通常不用于单位(例如,m s⁻¹ 而不是 m/s)。但请注意,约定可以规定电子/秒、计数/通道等。
  • 文中引用的显示方程应在右侧按顺序编号((1)、(2)等)。不以任何数字提及的简短表达通常会被纳入案文。
  • 首选以下样式:用于张量的罗马粗体无衬线 r、用于向量的粗体衬线斜体 r、用于矩阵的罗马粗体衬线 r 和用于标量变量的中等粗细斜体衬线 r。在数学表达式中,微分的“d”用法应该明确,并用罗马而不是斜体编码。即在 Word 中使用方程式函数。
  • 大括号、括号和括号按 {[( )] } 的顺序使用,除非数学惯例另有规定(例如,换向器和反换向器的方括号;指数中的指数用大括号)。
  • 对于单位和符号,应使用 SI 系统。在其他系统中给出测量值时,请插入转换。
  • 数学符号和表达式的关键是确保整个文档的一致性高于一切。
如果您的文章包含特殊字符、重音符号或变音符号,并且您正在 Microsoft Word 中准备稿件,我们建议您执行以下过程: 对于欧洲口音、希腊语、希伯来语或西里尔字母或拼音符号:从“插入符号”窗口的下拉菜单中选择 Times New Roman 字体,然后插入您需要的字符。对于梵语、韩语、中文或日语等亚洲语言:从“插入符号”窗口的下拉菜单中选择 Arial Unicode 字体,然后插入您需要的字符。 我们可以接受特定的字体,但只能接受那些 Unicode 的字体;此字体应与文章一起提交。另请参阅 Unicode 字符代码表。 对于音译的阿拉伯语:您可以选择Times New Roman或Arial。对于 ayns 和 hamzas,请从“插入符号”窗口的下拉菜单中选择 Arial Unicode 字体,然后直接在“字符代码”框中键入 Unicode 十六进制。将 02BF 用于 ayn,将 02BE 用于 hamza。 17. 作者在同行评审过程中的作用 F1000Research有一个发表后的同行评审模型,其中同行评审过程在文章发表后进行。由于同行评审过程是作者主导的,我们要求我们的作者在文章发表之前提供至少 5 条符合我们的审稿人标准的审稿人建议(请参阅我们的寻找文章审稿人页面,了解我们的审稿人标准和寻找审稿人的提示)。 文章发表后,作者应继续提供审稿人建议,直到文章收到两份同行评审报告——我们的编辑团队将在需要更多审稿人时和同行评审报告发表后立即联系作者。 在两份报告发表后,我们强烈建议我们的作者根据审稿人的意见修改他们的文章——如果文章在前两份报告发表后没有通过同行评审过程,这一点尤其重要,因为审稿人只能在修订后的文章版本发布后重新审查文章以提供更新的报告(可能具有更新的批准状态)。 修改后的文章版本发布后,我们将通知原审稿人,要求他们尽快重新审阅文章。也欢迎作者在等待原审稿人的任何重新审稿时继续提供审稿人建议。

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