vcf文件中如何确定文件是否已经phasing(定相)

时间：2024-05-12 22:11:17浏览次数：25

标签：PR 文件 GT OAR19 vcf phasing test2 PASS

001、未定相

[root@PC1 test2]# ls
test1.vcf  test2.vcf
[root@PC1 test2]# grep -v "^#" test1.vcf | head | cut -f 1-16  ##  为定相是斜杠
1       55910   s64199.1        G       .       .       .       PR      GT      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0
1       85204   OAR19_64675012.1        C       G       .       .       PR      GT      0/0     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0
1       122948  OAR19_64715327.1        G       .       .       .       PR      GT      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0
1       203750  OAR19_64803054.1        G       A       .       .       PR      GT      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/1
1       312707  DU281551_498.1  G       A       .       .       PR      GT      0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1
1       356863  s18939.1        A       .       .       .       PR      GT      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0
1       400518  OAR1_88143.1    G       A       .       .       PR      GT      0/0     0/1     0/1     0/0     0/1     1/1     0/0
1       487423  s09912.1        C       G       .       .       PR      GT      0/1     0/0     0/1     1/1     0/1     0/0     0/0
1       578716  s36301.1        G       A       .       .       PR      GT      0/1     0/1     0/0     0/0     0/0     0/0     1/1
1       639876  s34880.1        A       .       .       .       PR      GT      0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0     0/0

002、定相

[root@PC1 test2]# ls
test1.vcf  test2.vcf
[root@PC1 test2]# grep -v "^#" test2.vcf | head | cut -f 1-16            ## 定相后是竖杠
1       55910   s64199.1        G       .       .       PASS    .       GT      0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0
1       85204   OAR19_64675012.1        C       G       .       PASS    .       GT      0|0     1|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0
1       122948  OAR19_64715327.1        G       .       .       PASS    .       GT      0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0
1       203750  OAR19_64803054.1        G       A       .       PASS    .       GT      0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     1|0
1       312707  DU281551_498.1  G       A       .       PASS    .       GT      1|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     1|1
1       356863  s18939.1        A       .       .       PASS    .       GT      0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0
1       400518  OAR1_88143.1    G       A       .       PASS    .       GT      0|0     0|1     1|0     0|0     0|1     1|1     0|0
1       487423  s09912.1        C       G       .       PASS    .       GT      0|1     0|0     0|1     1|1     1|0     0|0     0|0
1       578716  s36301.1        G       A       .       PASS    .       GT      1|0     1|0     0|0     0|0     0|0     0|0     1|1
1       639876  s34880.1        A       .       .       PASS    .       GT      0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0     0|0

。

reference

01、https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDIyMTQ3NQ==&mid=2247486224&idx=1&sn=9c1c5cf324a0acc32fcf132d488d9688&scene=21#wechat_redirect

标签：PR,文件,GT,OAR19,vcf,phasing,test2,PASS
From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/18188257

Linux 中删除某一目录中所有以数字命令的文件或者文件夹
在一些场景下，会遇到指定目录中出现大量的以数字命名的文件或者目录，如何实现批量删除：001、[root@PC1test2]#ls##测试文件及目录，如何删除所有的以数字命名的文件和目录120297489a.txtb.txtdir11[root@PC1test2]#rm-rf{1..100......
.nojekyll是什么文件
.nojekyll文件是一个用于GitHubPages的特殊文件。当你在GitHub仓库的根目录中包含这个文件时，它会告诉GitHubPages不要使用Jekyll来处理你的站点。Jekyll是一个静态站点生成器，GitHubPages默认使用它来将Markdown和其他文本格式的文件转换成静态HTML页面。如果你的仓库包含的......
maven的配置文件的心得（profile和mirrorof）
https://www.cnblogs.com/li1111xin/p/4777965.html1、maven安装后有两个地方有settings.xml，（1）一个是maven安装路径下：conf/settings.xml,（2）一个是用户的本地仓库下：.m2/settings.xml,这个路径是默认的用户的maven的本地仓库的路径（3）如果指定了自定义的本地仓库的路径，那么把setting......
介绍一款免费的文件内容搜索工具
概述推荐myso的子功能全文搜索工具，这款工具是效率工具myso的子功能，跟myso一样是免费软件，支持office；文本；pdf等文件格式内容搜索。搜索方式是遍历打开文件读取内容进行匹配，因此搜索速度不是非常快，搜索速度在可接受范围，但考虑到文件内容搜索不是高频使用功能，故而采用这种搜索方式（实......
在Linux中，如何配置Samba或NFS文件共享？
在Linux中配置Samba或NFS文件共享允许用户通过网络访问和交换文件。以下是配置这两种服务的基本步骤：1.配置Samba文件共享安装Samba：对于基于Debian的系统（如Ubuntu）：sudoapt-getupdatesudoapt-getinstallsamba对于基于RedHat的系统（如CentOS）：sudoyuminstallsamb......
不安全的文件下载(Pikachu)
概述文件下载功能在很多web系统上都会出现，一般我们当点击下载链接，便会向后台发送一个下载请求，一般这个请求会包含一个需要下载的文件名称，后台在收到请求后会开始执行下载代码，将该文件名对应的文件response给浏览器，从而完成下载。如果后台在收到请求的文件名后,将其直接拼进下载......
不安全的文件上传(Pikachu)
概述文件上传功能在web应用系统很常见，比如很多网站注册的时候需要上传头像、上传附件等等。当用户点击上传按钮后，后台会对上传的文件进行判断比如是否是指定的类型、后缀名、大小等等，然后将其按照设计的格式进行重命名后存储在指定的目录。如果说后台对上传的文件没有进行任何......
文件包含(Pikachu)
原理文件包含漏洞是一种常见的web类型漏洞,因为很多脚本语言支持使用文件包含,也就是我们所说的文件包含函数，网站开发者经常会把一些代码插入到指定的地方,从而节省之间避免再次编写,这就是包含函数的基础解释,但是我们不光可以包含我们预先指定的文件，也可以包含我们服务器内部......
使用TypeScript编写一个函数getPackageSize，该函数接收一个配置对象packageOpt作为参数
使用TypeScript编写一个函数getPackageSize，该函数接收一个配置对象packageOpt作为参数，用于获取指定文件夹中所有文件的总大小，并根据配置决定是否返回已转换单位的大小值或直接通过回调函数返回字节大小。下面是一个基于Node.js环境的实现示例，因为直接在浏览器环境中操作文件系统......
R使用矢量文件裁剪栅格数据
#########################################################使用矢量文件裁剪栅格数据raster_data#待裁剪的栅格数据shapefile_data#读入的shapefile文件#检查栅格数据和shapefile数据的投影是否一致projection(raster_data)projection(shapefile_data)#如果投影不一致,则......

vcf文件中如何确定文件是否已经phasing(定相)

相关文章

赞助商

阅读排行