系统由要素组成，但不总是要素的简单集合（系统与集合的区别是，系统不仅包括要素的存在，还包括要素间的关系）。整体与部分的关系，可分为两大类：线性关系和非线性关系。线性关系中，整体可以认为是元素的简单叠加，例如一个苹果和一堆苹果，后者是前者的简单集合。但是需要注意的是，线性关系只存在于假设或简化的分析中，绝对的线性是不存在的，相反，世界是处于普遍的非线性中的。非线性系统中，整体不仅是元素存在的叠加，还会因为元素间关系的改变，对外体现出不同的作用。比如，正面效果为“男女搭配，干活不累”，负面效果为“三个和尚没水吃”。两个系统的区别就在于，前者系统中要素间的关系主要体现为激励的积极方面，后者系统中要素的关系体现为抑制的消极方面。
整体与部分的概念又是相对存在的。比如银河系作为整体，太阳系是银河系的一部分，而太阳系作为整体，地球又是太阳系的一部分。整体与部分是可以互相转化的，将什么是定义为整体，什么定义为部分，完全取决于我们的研究对象。