R 包安装常见问题解决

1. 导读

日常中使用R语言进行数据分析，或者画图的读者，相信一定逃不过的一个操作就是安装R包，那么在R包安装过程中，可能会出现一些问题，有时候这些问题并不是R包仓库下载过程中网络和R语言本身的问题，而是系统中缺失一些配置或者编译器，本文将介绍一种常见的错误，并给以解决办法。

2. 问题

最近一位读者，在进行常规的转录组分析时，要在R中进行差异分析，因此需要安装DESeq2这个包，但是在安装过程中出现上面了这种情况，导致包没有安装成功。细心的读者，可以看见，小编已经在上图中，用红色方框框选出来了，就是：/bin/gfortran: No such file or directory。其实这个错误与/usr/bin/ld: cannot find -lxxxx可以算是一类错误。R在安装你所需要的包时，可能会需要进行编译，编译的过程中，需要使用一些系统中的编译器和库文件，如果缺失这些文件，就会导致包安装不上，其实R中安装包，出现安装问题，大多都是这个原因（不包括包的版本之间出现冲突的情况）。下面就介绍如何解决这个错误。

3. 解决办法

首先检索安装过程中出现Error的区域，查看有XXX: No such file or directory或者cannot find -lxxxx的区域，确定缺少的文件或者依赖是什么。下面以上面的gfortran为例，进行排查和解决。

3.1. 安装

首先，我们需要检查系统中是否有对应的文件或者安装了依赖

# 在终端中，输入下面两条命令
# 读者在解决自己的错误时，请将`fortran`替换为自己对应的

ldconfig -p | grep fortran 

which fortran

• 有结果

一种情况就是上图这种，文件本身是存在的，只不过系统在使用过程中，可能存在：

1. 版本不对应。
2. 系统无法找到文件正确的位置

如果出现上面这个情况，请直接看3.2. 版本检测和3.3. 更新链接。

• 没结果

如何出现上图这种，终端返回not found，那么代表系统中是不存在该文件或依赖的。其实这种情况更好解决，只需要在终端中安装即可，操作如下：

# linux 下
sudo apt update  # 更新
sudo apt install gfortran  # 安装

# mac 下
brew install gcc  # mac下 gcc 包含了 gfortran

# 读者需要将`gfortran`，换为自身缺失的软件，再去R中重新安装包即可。

注意：对于使用Mac的读者，这边建议将brew设置为国内源，可以参考：
Mac 下 brew 切换为国内源

3.2. 更新链接

如果在3.1.安装中发现，依赖是存在的，那么很有可能是系统中文件的链接不对，只需要重新添加一个符合链接即可。

# 在3.1.的结果中，查看文件的原始位置，并建立链接

sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so

# 此处地址由第一步检查而来
# 链接完了，可以去`R`中重新安装，如果报错请参考`3.3.版本检查`

3.3. 版本检查

如果3.2.版本检查没有解决问题的话，就只有可能是软件的版本之间有冲突。对于这个例子的gfortran，它很有可能与gcc的版本之前存在冲突，因此需要将二者的版本安装为一致的。对于读者来说，想要确定冲突的软件，可以在百度中以需要安装的软件和冲突为关键词，确定可能冲突的软件。

gcc --version  # 查看 gcc 版本

gfortran --version  # 查看 gfortran 版本 

# 如果不一致则，重新安装gcc或gfortran为一致版本，再重新安装R包即可。

因此读者们在安装R包时，如果出现安装不成功的情况，一定要仔细阅读安装过程中打印出来的日志，查看问题的根源，在浏览器中检索，一般都有解决方案。

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