R语言 常用 文件格式 和 数据格式

**R 语言文件格式：**

-R 语言使用各种文件格式来存储和共享代码和数据。R 中一些常用的文件格式包括：

1。**R 脚本 (.R) **：R 脚本是扩展名为 “.R” 的纯文本文件，包含 R 代码。它们可以使用任何文本编辑器创建和编辑，并在 R 中执行以运行代码。

2。**R Markdown (.Rmd) **：R Markdown 文件将 R 代码、文本和可视化效果组合到一个文档中。它们使用 “.Rmd” 扩展名，可以呈现为各种格式，例如 HTML、PDF 或 Word。

3。**R 数据文件 (.rData) **：R 数据文件以二进制格式存储 R 对象，例如数据框、矩阵或列表。可以使用 `load () `函数将它们加载到 R 中。

4。**逗号分隔值 (.csv) **：CSV 文件广泛用于存储表格数据。R 可以使用诸如 `read.csv () `和 `write.csv ()` 之类的函数来读取和写入 CSV 文件。

5。**Excel（.xlsx，.xls）**：R 可以使用 “readxl” 和 “writexl” 之类的包读取和写入 Excel 文件。诸如 “read_excel ()” 和 “write.xlsx ()” 之类的函数用于 Excel 文件操作。

6。**文本文件 (.txt) **：R 可以使用 `readLines () `和 `writeLines ()` 之类的函数读取和写入纯文本文件。文本文件通常用于存储原始数据或基于文本的输出。

**R 中的数据格式：**

-R 支持用于导入、操作和分析数据的各种数据格式。R 中一些常用的数据格式包括：

1。**CSV（逗号分隔值）**：一种纯文本格式，其中每行代表一行数据，值用逗号分隔。它广泛用于表格数据，可以使用 `read.csv () `函数 轻松导入。

2。**Excel**：R 可以使用 `readxl`和`writexl`之类的包来读写Excel文件。`read_excel () `函数允许从 Excel 文件中导入数据 。

3。**JSON（JavaScript 对象表示法）**：一种轻量级的数据交换格式。R 提供了诸如 “jsonlite” 和 “rjson” 之类的软件包，用于处理 JSON 数据。`fromJSON () `函数可以用来解析 JSON 数据。

4。**SQLite**：R 内置了对 SQLite 数据库的支持。“DBI” 和 “rsqLite” 软件包允许连接到 SQLite 数据库并对数据执行 SQL 查询 。

5。**生物信息学格式**：R 有像 microBiomeAnalyst 中的 “phyloseq” 这样的软件包，用于分析微生物组数据。这些软件包支持诸如QIIME的BIOM格式之类的格式，该格式存储微生物群落的分类学和丰度数据 。

6。**其他格式**：R 还支持使用相关软件包 读取和写入 XML、HDF5、netCDF 等格式的数据。

注意：提供的来源并未直接提及 R 中的所有数据格式。但是，所提供的信息基于对 R 中数据格式的常识。

**Visual Studio Code (VS Code) 支持.Rmd 格式。** VS Code 是一种流行的源代码编辑器，它支持各种编程语言，包括 R。在扩展的帮助下，可以自定义 VS Code 以为 R 编程提供特定的特性和功能。其中一个扩展名是 “R Markdown” 扩展，它使用户能够在 VS Code 中处理.Rmd 文件。此扩展程序为 R Markdown 文档提供了语法高亮显示、代码片段和预览功能，允许用户在单个文档中编写和编辑 R 代码、文本和可视化效果。用户还可以直接在 VS Code 中将.Rmd 文件渲染成不同的输出格式，例如 HTML、PDF 或 Word。