1. 类别以及安装
Conda分为mini-conda和anaconda两种,第一个可以理解为纯净版,第二个附带了很多科学计算的包.
我们可以选择其中一个版本安装,使用wget + 网址即可.随后使用下文指令启动.
bash Anaconda3-2023.03-1-Linux-x86_64.sh
搜个教程一步步安装即可.
2. 配置文件
显然,我们需要配置下载源,不然下半天都下不了一个包.我们需要vim一个\(.condarc\)的文件,然后加入以下内容,也就是优先以下面4个渠道下载包:
channels:
- bioconda
- conda-forge
- r
- defaults
3. conda使用方法
(1) 安装fastp
conda install fastp(=版本=编译版本)
conda安装软件分为两步:
- Collecting package metadata:这相当于在channels中搜寻安装软件的说明文件(metadata)
- Solving environment:因为conda已经安装了一些包,我们要查看安装的包与已经安装包是否有冲突.
可以通过which package找到安装路径
(2) 搜索是否存在包
conda search package
第一列是package名,第二列是版本,第三列是编译版本,第四列是channel来源.
(3) 更新与删除
conda update package
conda removie package
(4) 查看所有包
conda list
(5) 环境
- 创建环境
有时我们可能需要package A 2.0版本和package A 3.0版本,但是我们不能装两个版本,因此只能创建环境将他们隔离开.
conda create -n py3.8
如果我们安装conda时没有初始化,就会报错CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.这是因为默认的conda是不支持环境的.使用下面的指令初始化环境.
conda init bash
当我们初始化成功后,默认进入的是base环境
- 退出环境
conda deactivate
- 环境列表
conda env list
(6) 加速
当conda环境安装很多包后,速度会变得很慢,可以考虑安装mamba来加速