首页 > 其他分享 >fakit: 一个处理fasta序列的小工具 (二)

fakit: 一个处理fasta序列的小工具 (二)

时间:2023-09-06 20:33:41浏览次数:41  
标签:help sequence fakit Print file 序列 fasta

上一篇博文中写到出了这个小工具,现在更新到0.2.4了,新增了一些子命令。有seqtk,seqkit等好用的工具珠玉在前,还写这个主要是学习和熟悉rust这门语言的基础语法了,写出来自己玩儿咯。

reop:

https://github.com/sharkLoc/fakit

install:

cargo install fakit

usage:

fakit: a simple program for fasta file manipulation

Usage: fakit <COMMAND>

Commands:
  topn
          get first N records from fasta file
  fa2fq
          convert fasta to fastq file
  faidx
          crate index and random access to fasta files
  relen
          re-length fasta sequence
  rename
          rename sequence id in fasta file
  window
          stat dna fasta gc content by sliding windows
  search
          search subsequences/motifs from fasta file
  subfa
          subsample sequences from big fasta file
  split
          split fasta file by sequence id
  summ
          a simple summary for DNA fasta files
  help
          Print this message or the help of the given subcommand(s)

Options:
  -h, --help
          Print help
  -V, --version
          Print version

标签:help,sequence,fakit,Print,file,序列,fasta
From: https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/17683335.html

相关文章

  • FastApi---Tortoise-ORM异步框架的使用
     1.配置 pipinstalltortoise-ormpipinstallaerichpipinstallaiomysql 参数配置#settings.pyTORTOISE_ORM={'connections':{'default':{#'engine':'tortoise.backends.asyncpg',Po......
  • 算法刷题:一步步优化系列01.最长连续序列
    题目链接:最长连续序列目录暴力解法(超时)优化内层查找(On->O1但超时)问题:重复的边界会重新迭代优化重复迭代:在值域而非定义域迭代,去重(超时)问题:值域大且元素离散度大时,会大量迭代到不存在的元素,空迭代优化空迭代:HashSet去重,每次迭代的元素都存在(26ms)从左边界重......
  • shell中实现DNA序列一致性计算
     001、[root@pc1test02]#lsa.txttest.sh[root@pc1test02]#cata.txt##测试数据ATCCAGCTGGGCAACTATGGATCTAAGCAACCTTGGAACTATGCCATTATGGCACT[root@pc1test02]#cattest.sh##测试脚本#!/bin/bashforiin$(seq$(awk'NR==1{pr......
  • 剑指 Offer 33. 二叉搜索树的后序遍历序列
    输入一个整数数组,判断该数组是不是某二叉搜索树的后序遍历结果。如果是则返回 true,否则返回 false。假设输入的数组的任意两个数字都互不相同。 参考以下这颗二叉搜索树:5/\26/\13示例1:输入:[1,6,3,2,5]输出:false示例2:输入:[1,3,2,6,5]输出:truec......
  • DRF----限流、序列化、视图、条件搜索
    1.4djangorestframework(中)drf内置了很多便捷的功能,在接下来的课程中会给大家依次讲解下面的内容:快速上手请求的封装版本管理认证权限限流序列化视图条件搜索分页路由解析器 6.限流限流,限制用户访问频率,例如:用户1分钟最多访问100次......
  • .NET 序列化生成 JavaScriptSerializer Poc
    dot.NET安全矩阵星球群有位师傅问起如何才能生成和ysoserial一样的JavaScriptSerializer序列化poc,同Json.NET一样序列化使用了ObjectDataProvider类,ObjectInstance属性绑定实例化的Process对象,这里没有使用MethodParameters属性传递参数,而是使用ProcessStartInfo类FileName和Argum......
  • P2215 [HAOI2007] 上升序列
    考虑一个长度为\(L\)的最长上升子序列\(P\),以它的第\(i\)个元素\(a_{x_i}\)开头的最长上升子序列长度至少为\(L-i+1\)。反之,若一个数满足以其开头的最长上升子序列长度至少为\(L-i+1\)则这个数必定可以作为\(P\)的第\(i\)个元素。所以我们可以先倒着跑一遍最长下降......
  • fastadmin 列宽度修改,超过长度的用省略号替代
    fastadmin列表页有时候某一个列内容过长时,需要修改列表使得列内容整体更加美观,可以在对应的js中,添加如下代码 cellStyle:function(value,row,index,field){return{css:{......
  • 1分钟带你入门RequireJs并了解FastAdmin中JS是如何调用的
    1分钟带你入门RequireJs并了解FastAdmin中JS是如何调用的发布于2018-08-2522:22:57使用fastadmin,前端方面第一个难点就是requirejs,这是一个强大却鲜为人知(对于后端开发人员来说)的框架。在fastadmin交流群混了一段时间,发现不少小白总在问一些很基础的问题,本人实在看不下去了,......
  • Java反序列化:CommonsCollections5调试分析
    基础知识1.BadAttributeValueExpException相关源码可以看到这个异常类的支持序列化和反序列化,同时在反序列化readObject函数中会涉及到toString函数publicclassBadAttributeValueExpExceptionextendsException{/*Serialversion*/privatestaticfinal......