1、登录金税三期个人所得税扣缴系统，登进去时会有导向操作：
录入单位信息（把纳税人识别号输入进去）
获取办税信息（会出现企业信息）
备案办税人员信息（办税人员姓名身份证号等等）
设置登录密码（设置为常用的密码）
设置数据自动备份
2、点进去之后会看到有人员信息采集，专项附加扣除信息采集还有综合所得申报等等。接下来把企业的人员信息采集进去，税款所属月份选择备案的当月。
3、公司新进的员工首次进行代扣代缴，需要添加人员信息采集。如果企业人员较多，财务人员单独登记不过来，可以选择把表格模板导出来，由员工填写好后再导入系统，涉及的信息有证件类型、证件号码、姓名、性别、出生日期、国籍、任职时间、手机号码等必填项。导入之后点击报送，最后获取反馈，人员状态显示正常，报送状态显示报送成功，身份验证状态显示验证通过人员信息采集完毕。
4、如果员工从企业离职，人员信息状态要从开始的正常状态调整为非正常状态，调整之后不必再为此员工代扣代缴个税。
5、专项附加扣除会涉及子女教育支出、继续教育支出、住房贷款利息支出、住房租金支出、赡养老人支出信息登记。如果企业人员较多，比如大型建筑企业，员工几百上千，无法获取专项附加扣除信息，员工可以下载自然人税收管理系统手机APP客户端，让员工自行在APP填列，联网状态下企业端可以同步信息。比如子女教育的信息，子女的姓名身份证号年龄受教育时间都需要备案在系统里，不需要单独到税务局备案。
6、综合所得申报，包括员工的正常工资薪金所得、全年一次性奖金收入、年金领取、解除劳务合同一次性补偿金、稿酬所得、特许权所得等都在综合所得预扣预缴表里，企业代扣代缴主要是正常工资薪金所得项，点击进行填列，需要进行明细申报，因为每个员工的工资、个税、专项附加扣除都不一样。本期收入需要手动填列。
7、员工的本期应纳税额会根据收入减去减除费用专项扣除项后来计算，按月进行累计，比如某员工没有专项扣除和专项附加扣除，1月应纳税所得是4000，2月应纳税所得是6000,2月虽然超过了减除费用5000，但是1-2月累计应纳税所得额减减除费用刚好为0，2月也不用交税。
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