summarizeabundance.py

报错信息为：

(base) [wz@localhost temp]$ python ./summarizeAbundance.py -i gene.count -m output -c '9,16,21' -s ',+,+*' -n raw -o eggnog
/10t/wz/temp/./summarizeAbundance.py:176: FutureWarning: The default value of numeric_only in DataFrameGroupBy.sum is deprecated. In a future version, numeric_only will default to False. Either specify numeric_only or select only columns which should be valid for the function.
final_abundanceDF = grpMergeDF_explode.groupby(grp, as_index=False).agg(abundance_keep)
/10t/wz/temp/./summarizeAbundance.py:176: FutureWarning: The default value of numeric_only in DataFrameGroupBy.sum is deprecated. In a future version, numeric_only will default to False. Either specify numeric_only or select only columns which should be valid for the function.
final_abundanceDF = grpMergeDF_explode.groupby(grp, as_index=False).agg(abundance_keep)
/10t/wz/temp/./summarizeAbundance.py:176: FutureWarning: The default value of numeric_only in DataFrameGroupBy.sum is deprecated. In a future version, numeric_only will default to False. Either specify numeric_only or select only columns which should be valid for the function.
final_abundanceDF = grpMergeDF_explode.groupby(grp, as_index=False).agg(abundance_keep)

GPT的回答：

这是一段使用 python 脚本 summarizeabundance.py 的命令行代码。下面是对每个参数的解释：

• -i gene.count：输入文件名为 gene.count，这可能是一个基因计数表。
• -m output：指定一个目录用于输出日志文件和总结信息文件。
• -c '9,16,21'：选择列索引号为 9、16 和 21 的列来聚合计数。
• -s ',+,+*'：指定样本名是否具有反义互补之间区别的字符串。, 分隔样本名，每个字符表示相应的样本是否需要求反（- 表示需要）或互补（* 表示需要）。
• -n raw：设置输入文件格式为原始格式。
• -o eggnog：设置输出文件名前缀为 eggnog。

在脚本执行过程中，您可能会看到一些警告消息（futurewarning），它们可能意味着使用了一些即将过时的语法或api，建议升级一些包或调整代码以避免问题。