聚类热图根据不同的聚类算法和距离计算方式,获得的热图分支结构会有一些不同。有时,我们也希望能在不改变分支结构的基础上,对热图分支的顺序进行一些调整,这就是推文聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?的出发点。
现在这个功能也搬到了BIC平台,具体怎么做呢?
采用之前的绘图数据
采用默认的绘图参数
出来一个热图,看着还不错
现在我们想调整下列的顺序,习惯上对照组在前,处理组在后,我们加一列权重信息,在不影响层级聚类结构的基础上 (层级聚类中,哪两个/两组样品在同一分支下是不可以改变的,但同一分支下的两个/两组样品谁在左、谁在右是没关系的),权重大的列排在左侧,权重小的列排在右侧。
在colWright
列下,加了权重信息。
ID conditions individual SV1 ColWeight
untrt_N61311 untrt N61311 -0.101 80
untrt_N052611 untrt N052611 0.018 100
untrt_N080611 untrt N080611 -0.429 70
untrt_N061011 untrt N061011 0.535 90
trt_N61311 trt N61311 -0.125 40
trt_N052611 trt N052611 0.036 60
trt_N080611 trt N080611 -0.467 70
trt_N061011 trt N061011 0.533 50
我们希望排序顺序为:
untrt_N052611
untrt_N061011
untrt_N61311
untrt_N080611
trt_N080611
trt_N052611
trt_N061011
trt_N61311
拷贝数据、设置参数,主要是
- Column used for reorder row cluster branches: 选择哪一列作为行聚类排序的权重列
- Column used for reorder column cluster branches:
选择哪一列作为列聚类排序的权重列 - Exclude order variable from row annotation:
这一列有时是自己编的值,只是拿来美化图,而不希望展示,可以通过该参数隐去 - Exclude order variable from column annotation:
这一列有时是自己编的值,只是拿来美化图,而不希望展示,可以通过该参数隐去
提交后获得结果,顺序如我们期望。
调整时如果未达到预期效果,首先看下是不是你想要的顺序改变了分支结构;如果没有改变结构但却依然无效果,则可以尝试加大不同样品权重的差距,获得预期的排序效果。
这是其中一种调整分支顺序的方式,在文章聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?还提供了很多种其它排序方式可供参考和使用。
标签:顺序,untrt,N052611,N061011,聚类,热图,trt From: https://blog.51cto.com/u_16077014/6212592