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无代码调整聚类热图分支顺序

时间:2023-04-21 13:35:33浏览次数:43  
标签:顺序 untrt N052611 N061011 聚类 热图 trt


聚类热图根据不同的聚类算法和距离计算方式,获得的热图分支结构会有一些不同。有时,我们也希望能在不改变分支结构的基础上,对热图分支的顺序进行一些调整,这就是推文聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?的出发点。

现在这个功能也搬到了BIC平台,具体怎么做呢?

采用之前的绘图数据

无代码调整聚类热图分支顺序_js

采用默认的绘图参数

无代码调整聚类热图分支顺序_css_02

出来一个热图,看着还不错

无代码调整聚类热图分支顺序_数据可视化_03

现在我们想调整下列的顺序,习惯上对照组在前,处理组在后,我们加一列权重信息,在不影响层级聚类结构的基础上 (层级聚类中,哪两个/两组样品在同一分支下是不可以改变的,但同一分支下的两个/两组样品谁在左、谁在右是没关系的),权重大的列排在左侧,权重小的列排在右侧。

colWright列下,加了权重信息。

ID    conditions    individual    SV1    ColWeight
untrt_N61311    untrt    N61311    -0.101    80
untrt_N052611    untrt    N052611    0.018    100
untrt_N080611    untrt    N080611    -0.429    70
untrt_N061011    untrt    N061011    0.535    90
trt_N61311    trt    N61311    -0.125    40
trt_N052611    trt    N052611    0.036    60
trt_N080611    trt    N080611    -0.467    70
trt_N061011    trt    N061011    0.533    50

我们希望排序顺序为:

untrt_N052611
untrt_N061011
untrt_N61311
untrt_N080611
trt_N080611
trt_N052611
trt_N061011
trt_N61311

拷贝数据、设置参数,主要是

  1. Column used for reorder row cluster branches: 选择哪一列作为行聚类排序的权重列
  2. Column used for reorder column cluster branches:
    选择哪一列作为列聚类排序的权重列
  3. Exclude order variable from row annotation:
    这一列有时是自己编的值,只是拿来美化图,而不希望展示,可以通过该参数隐去
  4. Exclude order variable from column annotation:
    这一列有时是自己编的值,只是拿来美化图,而不希望展示,可以通过该参数隐去

无代码调整聚类热图分支顺序_html_04

提交后获得结果,顺序如我们期望。

无代码调整聚类热图分支顺序_js_05

调整时如果未达到预期效果,首先看下是不是你想要的顺序改变了分支结构;如果没有改变结构但却依然无效果,则可以尝试加大不同样品权重的差距,获得预期的排序效果。

这是其中一种调整分支顺序的方式,在文章聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序?还提供了很多种其它排序方式可供参考和使用。

无代码调整聚类热图分支顺序_html_06

标签:顺序,untrt,N052611,N061011,聚类,热图,trt
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