首页 > 其他分享 >生信工具推荐之(2) datasets

生信工具推荐之(2) datasets

时间:2023-04-19 10:55:20浏览次数:58  
标签:datasets -- dataset genome download 工具 gene 生信

datasets NCBI出品跨平台轻松批量从数据库中下载数据的命令行工具

指南:

工具处于快速更新迭代阶段,正逐步添加新功能,,参考网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/v1/how-tos/

安装:
curl -o datasets 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v1/linux-amd64/datasets'

curl -o dataformat 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v1/linux-amd64/dataformat'

chmod +x dataformat datasets
用法:

比如下载基因,基因组序列数的据帮助信息如下

./datasets download -h

Download genome, gene and coronavirus data packages, including sequence, annotation, and metadata, as a zip file.

Refer to NCBI's [download and install](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/docs/download-and-install/) documentation for information about getting started with the command-line tools.

Usage
  datasets download [flags]
  datasets download [command]

Examples
  datasets download genome accession GCF_000001405.40 --chromosomes X,Y --exclude-gff3 --exclude-rna
  datasets download genome taxon "bos taurus"
  datasets download gene gene-id 672
  datasets download gene symbol brca1 --taxon mouse
  datasets download gene accession NP_000483.3
  datasets download virus genome taxon sars-cov-2 --host dog
  datasets download virus protein S --host dog --filename SARS2-spike-dog.zip
  datasets download --input-json request_file.json --filename output.zip

Available Commands
  gene        download a gene dataset
  genome      download a genome dataset
  virus       download a coronavirus dataset
  ortholog    download an ortholog dataset

Flags
      --filename string     specify a custom file name for the downloaded dataset (default "ncbi_dataset.zip")
  -h, --help                help for download
      --input-json string   a file that contains a valid json request object for genome or gene queries


Global Flags
      --api-key string   NCBI Datasets API Key
      --no-progressbar   hide progress bar

Use datasets download help <command> for detailed help about a command.

标签:datasets,--,dataset,genome,download,工具,gene,生信
From: https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/17332551.html

相关文章

  • 大数据时代,大数据分析和挖掘常用的软件工具有哪些?
    首先,对于传统分析和商业统计来说,常用的软件工具有Excel、SPSS和SAS。Excel是一个电子表格软件,相信很多人都在工作和学习的过程中,都使用过这款软件。Excel方便好用,容易操作,并且功能多,为我们提供了很多的函数计算方法,因此被广泛的使用,但它只适合做简单的统计,一旦数据量过大,Excel将不......
  • GraphPad Prism 9.5.1 for Mac 简单高效的实用性医学绘图分析工具
    GraphPadPrismGraphPadPrism是一款非常实用的统计软件,其功能非常强大,能够帮助用户进行各类科研数据的处理和分析,快速绘制出各种专业的图像和数据报告。GraphPadPrism软件的用户界面非常友好,易于学习和操作,具有多种语言版本,可以帮助全球各地的用户完成科研数据分析工作。该软......
  • cronolog工具切割nohup运行日志
    1.日志分割:随着JAVA服务线上运行,默认单个日志文件占用磁盘空间会越来越大,查看文件信息不方便,故需要对日志文件进行分割,这里借用第三方工具cronolog切割,因为网上有很多种切分方式,要么不行要么不好用。 2.安装cronologA.yum在线安装:yuminstall-ycronolog;B.rpm离......
  • 【工具类】Git的初次使用,以及与Gitee的关联
    一、下载与安装可以去Git官网下载,链接......
  • Downie 4 4.6.14 for Mac 最新最好用的视频下载工具
    DownieforMac Downie是Mac下一个简单的下载管理器,可以让您快速将不同的视频网站上的视频下载并保存到电脑磁盘里然后使用您的默认媒体播放器观看它们。  Downie4最新版下载Downie4forMacDownie4forMac软件特点支持许多站点-当前支持1000多个不同的站点(包括You......
  • 【valgrind】软件调试工具-valgrind内存调试工具
    valgrind工具安装Ubuntu环境安装sudoaptinstallvalgrind源码编译1.源码下载http://valgrind.org/downloads/valgrind-3.12.0.tar.bz22.valgrind编译安装tar-jxvfvalgrind-3.12.0.tar.bz2cdvalgrind-3.12.0./configuremakesudomakeinstallvalgrind运行分析程......
  • 【Java技术指南】「Unirest编程专题」一起认识一下一个“灰常”优秀的Http工具,让Http
    Unirest-Java是一个轻量级的HTTP客户端库,它提供了简单易用的API,可以帮助Java开发人员快速地发送HTTP请求和处理响应。在本文中,我们将深入探讨Unirest-Java的技术细节和使用方法。Unirest-Java的优点简单易用:Unirest-Java提供了一组简单易用的API,可以帮助Java开发人员快速地发送HTTP......
  • 【Python毕业设计】基于Python+Flask+MySQL的学生信息管理系统(附完整源码)
    1、项目说明基于python+Flask+mysql的学生信息管理系统项目实战项目需要安装pycharm专业版,mysql数据库以及项目所需的所有模块创建数据库名称db_online_notes,然后执行sql文件生成数据表和数据项目需要安装flask,pymysql以及其他的一些模块安装命令如下:pipinstall-ihttps://......
  • 分享一个很好用的代理转发工具:rinetd
    rinetd介绍:安装与使用:https://zhuanlan.zhihu.com/p/530875131注意事项:1、如果发现配置中的端口在进程中没找到,那就是配置填写错误导致的,笔者就遇到过,端口写个了66666,结果就翻车了,切记按照规则来操作使用场景1、需要测试网络中断的场景,模拟网络异常2、测试负载均衡,等等......
  • 分享一个开源的windows安卓投屏工具,scrcpy
    看到scrcpy可能很多人会以为是大名鼎鼎的Scrcpy(一个十分强大的多线路爬虫框架),sorry今天分享的主角不是他,而是他:github地址:https://github.com/Genymobile/scrcpy废话不多说,下载windows版本开搞,推荐选择64位下载完毕后解压,然后双击scrcpy.exe然后不出意外的话,你就可以看到这......