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如何在conda上安装metaphlan3

时间:2023-04-10 17:25:30浏览次数:38  
标签:-- channels add conda MetaPhlAn3 metaphlan3 安装

要在conda上安装MetaPhlAn3,可以按照以下步骤进行操作:

  1. 首先,打开终端或Anaconda Prompt(如果您正在使用Windows)。

  2. 激活您的conda环境。如果您还没有conda环境,请创建一个新环境。

  3. 运行以下命令以添加Bioconda和conda-forge channels:

    conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add channels conda-forge
  4. 运行以下命令以安装MetaPhlAn3:

    conda install metaphlan
  5. 安装完成后,您可以使用以下命令运行MetaPhlAn3:

    metaphlan --input_type fastq <input_file> --output <output_file>

    其中,<input_file> 是您要分析的输入文件的路径,<output_file> 是输出文件的路径。

请注意,MetaPhlAn3需要Python 3.6或更高版本。如果您的环境中没有安装Python 3.6或更高版本,则需要先安装它。

 

标签:--,channels,add,conda,MetaPhlAn3,metaphlan3,安装
From: https://www.cnblogs.com/wzbzk/p/17303582.html

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