首页 > 其他分享 >PyTorch | 生物医学 | Deep learning

PyTorch | 生物医学 | Deep learning

时间:2023-02-03 06:11:05浏览次数:58  
标签:autoencoder Deep cell PyTorch learning using

 

以前一直没有条件,曾一度想自己买个显卡搞DL,但没有时间,也没有支持,最后就不了了之了。

无论是NGS的genetics,还是NGS的single-cell,DL都是大有可为的,最近出现的chatgpt更是确信了这一点。

未来Deep learning将会成为生信的标准工具,这是大势所趋,不可阻挡。

 

我目前在研究的MIRA就是使用了Autoencoder,这个已经在单细胞领域非常成熟了。【清一色NC灌水】

降噪 - Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder

空间 - Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with an adaptive graph attention auto-encoder

Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer’s disease

Fast and precise single-cell data analysis using a hierarchical autoencoder

 

进入开发者模式:

 

 

教程:

 

标签:autoencoder,Deep,cell,PyTorch,learning,using
From: https://www.cnblogs.com/leezx/p/17087923.html

相关文章

  • pytorch net.state_dict问题
    pytorch使用中发现net.state_dict只保存所有module层的偏置与权重值,不保存零散变量值。验证代码#encoding:utf-8importtorchimporttorch.nnasnnimporttorch.op......
  • Continual Learning with Lifelong Vision Transformer----阅读笔记
    ContinualLearningwithLifelongVisionTransformer----阅读笔记摘要:在本文中,我们提出了一种新的基于注意力的框架LifelongVisionTransformer(LVT),以实现更好的稳定......
  • linux 创建鼠标右键菜单(deepin)
    说明自定义鼠标右键菜单创建路径/usr/share/deepin/dde-file-manager/oem-menuextensions/文件必要内容[DesktopEntry]#Exec=qdbuscom.deepin.defender.hmiscreen......
  • 阅读论文(一):ImageNet classification with deep convolutional neural networks
    Alexnet卷积神经网络模型重叠池化(overlappingpooling)传统不重叠的池化层,步长s与窗口尺寸z是相同的,s=z。而重叠池化步长s小于窗口尺寸z,s<z。局部响应归一化参考:ht......
  • 【Pytorch】PyTorch机器学习步骤
    PyTorch机器学习步骤机器学习步骤准备数据选择模型用于前向训练的模型用于计算损失的损失函数用于更新参数的优化器训练循环计算前馈结果计算损失求梯度更......
  • 【Pytorch】PyTorch环境配置
    PyTorch环境配置实验环境操作系统:Windows11实验步骤下载安装Anaconda使用推荐选项安装,否则可能出现权限问题在PyTorch官网获取安装命令,在Anaconda打开命令行......
  • DeepWalk Online Learning of Social Representations
    DeepWalk:OnlineLearningofSocialRepresentations论文信息作者:来源于纽约州立大学石溪分校,一个很有名的学校。辅助资料视频带读DeepWalk【图神经网络论文精......
  • Pytorch_YOLO-v8-模型训练
    datasetYOLO会自动将…/datasets/dataset_new/images/train/1.jpg中的/images/替换成/labels/以寻找它的标签,如…/datasets/dataset_new/labels/train/1.txt0:perso......
  • 2019,Machine learning in acoustics: Theory and applications
    Abstraction声学数据为生物学、通信、海洋和地球科学等领域提供了科学和工程方面的见解。我们调查了包括深度学习在内的机器学习(ML)在声学领域的最新进展和变革潜力。ML......
  • 在 PyTorch 中使用梯度检查点在GPU 上训练更大的模型
    作为机器学习从业者,我们经常会遇到这样的情况,想要训练一个比较大的模型,而GPU却因为内存不足而无法训练它。当我们在出于安全原因不允许在云计算的环境中工作时,这个问题经......