MIRA使用教程

必须要完成的任务！

安装MIRA

# https://docs.conda.io/en/main/miniconda.html#linux-installers
# install Python 3.7, not Python 3.10

# 把conda环境搞崩了，需要删除【其实是装错conda版本了】
conda deactivate
conda env remove -n mira-env
conda clean -a

# 安装指定Python版本
conda create --name mira-env python=3.7
# 进入环境
conda activate mira-env
# 查看版本
python

# 用pip来装，比conda快
pip install mira-multiome scanpy jupyter jupyterlab leidenalg
# 把kernel加入jupyter
python -m ipykernel install --user --name mira-env

# 安装指定版本的pytorch，https://pytorch.org/get-started/locally/
pip install torch torchvision torchaudio

pip install mira-multiome==1.0.4

pip install optuna==2.10.1 # 2.10.1

# 否则tuner.tune(data, n_workers=4)会报错
pip install sqlalchemy==1.4.46