1.摘自：
https://jerkwin.github.io/2016/12/31/GROMACS%E5%92%8CVMD%E4%B8%AD%E7%9A%84%E6%B0%A2%E9%94%AE%E5%88%A4%E5%AE%9A%E6%A0%87%E5%87%86/
https://mp.weixin.qq.com/s/SYBF21LNKiLi0oLjHTfZIw
氢键在分子动力学模拟结果的分析中占有重要地位, 因而大多数程序都带有氢键分析功能. 但需要注意的是, 不同程序中的氢键判定标准未必一致. 实际上, 氢键的判定有多种标准, 如能量准则, 电子结构准则, 几何准则等. 前两种准则计算量大, 不易实现, 因此大多数分析程序使用的都是几何准测. 即便同样是使用几何准测, 又有各种不同的方式, 如单纯的距离准则, 混合的距离-角度准则等. 其中的每种又可以细分. 具体的细节这里就不多细说了, 需要了解的话请参考论文: R. Kumar, J. R. Schmidt, J. L. Skinner; Hydrogen bonding definitions and dynamics in liquid water; 126(20):204107, 2007; 10.1063/1.2742385.
GROMACS和VMD是在分子动力学模拟中经常用到的程序, 它们都带有氢键分析功能, 所以在这里我们详细讨论下它们的氢键判定标准. 对其他程序所用标准, 也可进行同样的分析.
先给出氢键判定标准的几何准则所对应的结构图
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