R语言科研绘图（2）

需要导入包

library(ggplot2)
library("ggpubr")  
library(ggsci)
library(gridExtra)

绘制分组条形图

setwd("xx\\barplotGroup")
library(ggplot2)
library("ggpubr")             #引用包
inputFile="input.txt"       #输入
outFile="barplot.png"       #输出
rt=read.table(inputFile,header=T,sep="\t",check.names=F)      #读取输入文件

#绘制
# png(file=outFile,width=7,height=5)
ggbarplot(rt, x="Term", y="Count", fill = "ONTOLOGY", color = "white", 
          orientation = "horiz",   #横向显示
          palette = "aaas",    #配色方案
          legend = "right",    #图例位置
          sort.val = "asc",    #上升排序，区别于desc
          sort.by.groups=TRUE)+    #按组排序
          scale_y_continuous(expand=c(0, 0)) + scale_x_discrete(expand=c(0,0))
          

绘制密度图

#library(ggsci)
#library(gridExtra)
png(file=density.png,width=7,height=5)
set.seed(1234)
wdata = data.frame(
   sex = factor(rep(c("F", "M"), each=200)),
   weight = c(rnorm(200, 55), rnorm(200, 58)))#200个随机数，平均数是55

p=ggdensity(wdata, x = "weight",
          add = "mean", rug = TRUE,
          color = "sex", fill = "sex",
          palette = c("#00AFBB", "#6495ED"))

p1_a=p+scale_color_aaas()
p2_a=p+scale_fill_aaas()
p3=grid.arrange(p1_a,p2_a,ncol=2)

ggsave(p3,file="density.png",height=10,width=10)  # 保存图片

绘制分布图

p1=gghistogram(wdata,x="weight",
            add="mean",rug=TRUE,
            color="sex",fill="sex",palette=c("#00AFBB", "#6495ED"))

p1_b=p1+scale_color_igv()
p2_b=p1+scale_fill_igv()
p3_b=grid.arrange(p1_b,p2_b,ncol=2)
# ggsave(p3_b,file="histogram.pdf",height=12,width=10)

排序柱状图

data("mtcars")

df2 <- mtcars
df2$cyl <- factor(df2$cyl)
df2$name <- rownames(df2) #添加一行name

dfm=df2

dfm$mpg_z <- (dfm$mpg -mean(dfm$mpg))/sd(dfm$mpg)
dfm$mpg_grp <- factor(ifelse(dfm$mpg_z < 0, "low", "high"), 
                     levels = c("low", "high"))

p2=ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg_z",
          fill = "mpg_grp",           # change fill color by mpg_level
          color = "white",            # Set bar border colors to white
          palette = "jco",            # jco journal color palett. see ?ggpar
          sort.val = "asc",           # Sort the value in ascending order
          sort.by.groups = FALSE,     # Don't sort inside each group
          x.text.angle = 90,          # Rotate vertically x axis texts
          ylab = "MPG z-score",
          xlab = FALSE,
          legend.title = "MPG Group"
          )

p2_a=p2+scale_color_lancet()
p2_b=p2+scale_fill_lancet()

p3_2=grid.arrange(p2_a,p2_b,ncol=2)
p3_2
ggsave(p3_2,file="sort.pdf",height=12,width=10)

竖着排列

p4=ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg_z",
          fill = "mpg_grp",           # change fill color by mpg_level
          color = "white",            # Set bar border colors to white
          palette = "jco",            # jco journal color palett. see ?ggpar
          sort.val = "desc",          # Sort the value in descending order
          sort.by.groups = FALSE,     # Don't sort inside each group
          x.text.angle = 90,          # Rotate vertically x axis texts
          ylab = "MPG z-score",
          legend.title = "MPG Group",
          rotate = TRUE,
          ggtheme = theme_minimal()
          )

p4_a=p4+scale_color_d3()
p4_b=p4+scale_fill_d3()

p3_3=grid.arrange(p4_a,p4_b,ncol=2)
p3_3
ggsave(p3_3,file="sort2.pdf",height=12,width=10)

所展示的图形都是在Rmarkdown上输出的结果，由于大小限制的原因，有些走样，将图片保存到本地效果会好很多。参考^[1]

参考资料