Rstudio调用Python模块:
0.查看python路径
sessionInfo()
指定python路径
library(reticulate) #R使用python的工具
path_to_python <- "D:/python"
use_python(path_to_python)
reticulate::use_python(path_to_python)
anndata是python模块,初次运行报错
library(anndata)
ad <- read_h5ad("NB.test.h5ad")
Error in py_module_import(module, convert = convert) :
ModuleNotFoundError: No module named 'anndata'
Run reticulate::py_last_error()
for details.
进入R 包中专门放python module的地方reticulate下发现没有anndata
D:\R\R-4.3.1\library\reticulate\python\rpytools
进入win cmd模式用pip安装anndata
pip anndata
python module存放位置,找到anndata,py
D:\python\Lib\site-packages\anndata_core
把anndata.py复制到R reticulate 包下
D:\R\R-4.3.1\library\reticulate\python\rpytools
在R载入module
reticulate::import('anndata')
library(anndata)
ad <- read_h5ad("NB.test.h5ad")