001、下载
官网：http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
下载0.39版本：
002、上传至linux 中，然后解压
[root@pc1 software]# ls ## 列出安装包 Trimmomatic-0.39.zip [root@pc1 software]# unzip Trimmomatic-0.39.zip ## 解压 Archive: Trimmomatic-0.39.zip creating: Trimmomatic-0.39/ inflating: Trimmomatic-0.39/LICENSE inflating: Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar creating: Trimmomatic-0.39/adapters/ inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/NexteraPE-PE.fa inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq2-PE.fa inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq2-SE.fa inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE-2.fa inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-PE.fa inflating: Trimmomatic-0.39/adapters/TruSeq3-SE.fa [root@pc1 software]# cd Trimmomatic-0.39/ ## 进入解压目录 [root@pc1 Trimmomatic-0.39]# ls ## 可执行java程序 adapters LICENSE trimmomatic-0.39.jar
003、使用方法，trimmomatic软件的使用需要java环境
java -jar trimmomatic-0.39.jar PE -threads 4 test_1.fastq.gz test_2.fastq.gz -baseout test_trim.fastq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:1 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:50
01、trimmomatic-0.39.jar：主程序
02、PE：表示双端测序
03、-threads 4： 指定线程数
04、test_1.fastq.gz test_2.fastq.gz：测试fastq文件
05、-baseout： 指定输出文件
06、ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa：指定接头序列
07、
标签：PE,0.39,linux,trimmomatic,fa,inflating,软件,adapters,Trimmomatic From： https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17716021.html