Linux下Amber22安装与报错处理

如果没有购买amber，也可以安装ambertools进行分子分子动力学模拟。tools与amber的区别再于tools里没有高性能的pmemd，但tools里的sander也可以满足基本需求。有高性能（节约时间更快出结果）需求就需要购买正版！

• 安装环境配置

  • 基础环境：按官网提示选择对应Linux发行版安装。传送门：https://ambermd.org/Installation.php

    • Ubuntu：apt -y update apt -y install tcsh make gcc gfortran flex bison patch bc wget flex bison patch bc wget

    • Centos7：yum -y install tcsh make gcc gcc-gfortran gcc-c++ which flex bison patch bc libXt-devel libXext-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker util-linux wget bzip2 bzip2-devel zlib-devel tar

  • 必需：gcc、g++、gfortran 6.x版本以上，可以通过scl进行多版本gcc切换。

  • 必需：cmake 3.x版本以上。如果自身系统的cmake是2.x版本，需要升级或编译3.x版本的cmake。传送门：https://cmake.org/download/

    • cmake编译

      wget https://cmake.org/files/v3.20/cmake-3.20.0-rc2.tar.gz
      tar -xvf cmake-3.20.0-rc2.tar.gz -C /usr/src/cmake3
      cd /usr/src/cmake3/cmake-3.20.0-rc2
      ./configure --prefix=/usr/local/cmake3
      make && make install
      #添加软连接
      ln -s /usr/local/cmake/bin/cmake /usr/bin/cmake
      #或添加环境变量
      export PATH=$PATH:/usr/local/cmake3/bin

  • cuda 环境 ，如果不需要使用GPU，可以忽略此。

    注意cuda版本要与gcc的版本匹配！

    

  • 并行环境：openmpi或在intel等提供的mpi。建议直接按官方提示配置并行环境。

• 安装步骤：

  参考传送门:https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf

  • 解压文件：

    tar xvfj AmberTools22.tar.bz2 # (Extracts into an “amber22_src” directory.)

    tar xvfj Amber22.tar.bz2 # (Only if you have licensed Amber 22!)

  • 配置文件：

    • 进入amber_scr/build文件夹，如果没有特殊需求直接按照默认，则直接执行：sudo ./run_cmake

    • 如果需要特殊配置，则编辑run_cmake文件，举例说明：

      

      • cuda需求：-DCUDA=FALSE改为TRUE

      • mpi需求：-DMPI=FALSE改为TRUE

      • 如果需要开启其他模块，在该行末尾添加即可：比如添加qmmm计算模块quick：-DBUILD_QUICK=TRUE

  • 执行编译：

    • sudo ./run_make 需要网络，完成后会有提示，可以把source那句拷贝下来，后面用得着。

    • sudo make install

    • 添加环境变量进.bashrc：source /xxx/xxx/xxx/amber.sh（第一步完的拷贝的就在这里用！）

• 报错处理：

  • 网络原因，miniconda.sh下载太慢，可以提前下载好拷贝进对应文件夹。

  • 报错：

    make[2]: ***[src/pmemd/src/xray/cuda/CMakeFiles/pmemd_xray_cuda.dir/src/xray/pmemd_xray_cuda_generated_BulkMaskGPU.cu.o]

    Error 1 make[2]: Leaving directory /home/nitin.bt.iith/Amber22/amber22_src/build' make[1]: *** [src/pmemd/src/xray/cuda/CMakeFiles/pmemd_xray_cuda.dir/all] Error 2 make[1]: Leaving directory/home/nitin.bt.iith/Amber22/amber22_src/build' make: *** [all] Error 2

    解决办法：

    cd amber22_src/src/pmemd/src mv CMakeLists.txt CMakeLists.txt.original cp CMakeLists.txt.noxray CMakeLists.txt # rebuild cd amber22_src/build ./clean_build ./run_cmake make install

  • 注意：gcc、g++、gfortran 版本尽量保持一致，不然后面的编译容易出错！