常在河边走，哪能不湿鞋。

作为生信工作者，尤其是计算生物学，遇到BUG真的是不能太常见，能否顺利DEBUG是此行业工作者的基本功。

Mac

R

报错1：Mac上，用conda建了一个R env，装了Rstudio却无法识别conda的R，于是给Mac系统装了一个默认R，为了方便想共用一个Lib，果然太幼稚了，今天jupyter里的R kernel全部无法访问，出现了如下报错。

shared object ‘jsonlite.dylib’ not found
shared object ‘magrittr.dylib’ not found

　　没什么大不了的，不是系统层面的错误，就是conda的R找不到类似的库罢了，全部重新安装即可。

以为指定libPaths，Rstudio和conda R能共用一个lib，其实不然，就算lib里有一个包，调用也会报错。

Error: package or namespace load failed for ‘rlang’ in library.dynam(lib, package, package.lib):
 shared object ‘rlang.so’ not found

　　最终解决方案/结论：

Mac上Rstudio和Jupyter无法共用一个R，不同的R也无法共用一个R_LIB，放弃无所谓的幻想。

本来也是分工的，Rstudio就是调试包用的，不涉及到数据分析；

Jupyter主打数据分析，函数调试，封装等。

根据经验：

• Jupyter的libpath在~/.bash_profile里指定，export R_LIBS_USER=/Users/zhixinli/R_lib_4
• 全局的libpath在.Rprofile里指定，.libPaths("/Users/zhixinli/R_lib_4")
• 不要设置.Rprofile，Rstudio即有自己的libpath

Linux

持续更新~

以前踩过的坑也会慢慢挪到这里~