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Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space

时间:2023-12-24 18:12:09浏览次数:46  
标签:lang Exception java CombineGVCFs -- 报错 Java gvcf

 

001、报错记录

合并gvcf使用脚本如下:

gatk  CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O test.g.vcf.gz

 

报错如下:

 

002、解决方法,设置内存上限可以解决上述报错:

gatk --java-options "-Xmx480g -Xms480g -XX:+UseSerialGC" CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O cohort.g.vcf.gz

 。

 

标签:lang,Exception,java,CombineGVCFs,--,报错,Java,gvcf
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17924675.html

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