001、报错记录
合并gvcf使用脚本如下:
gatk CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O test.g.vcf.gz
报错如下:
002、解决方法,设置内存上限可以解决上述报错:
gatk --java-options "-Xmx480g -Xms480g -XX:+UseSerialGC" CombineGVCFs -R GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna --variant gvcf.list -O cohort.g.vcf.gz
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