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python 实现统计fasta文件每一条序列的长度

时间:2023-10-13 23:14:43浏览次数:50  
标签:test1 py python pc1 fa test 序列 fasta root

 

001、

a、

[root@pc1 test1]# ls
a.fa  test.py
[root@pc1 test1]# cat a.fa            ## 测试fasta
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttggg
ccc
>chr3
cccttt
>chr4
aaaaattt
[root@pc1 test1]# cat test.py         ## 统计每条序列的长度
#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

in_file = open("a.fa", "r")

row = 0
for i in in_file:
        i = i.strip()
        if i[0] == ">" and row >= 1:
                print(id, length)
        if i[0] == ">":
                row += 1
                id = i[1:]
                length = 0
        else:
                length += len(i)
print(id, length)

in_file.close()

 

[root@pc1 test1]# ls
a.fa  test.py
[root@pc1 test1]# cat a.fa
>chr1
tttcccggg
>chr2
tttggg
ccc
>chr3
cccttt
>chr4
aaaaattt
[root@pc1 test1]# python3 test.py      ## 运算结果
chr1 9
chr2 9
chr3 6
chr4 8

 

b、

 

标签:test1,py,python,pc1,fa,test,序列,fasta,root
From: https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/17763483.html

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